竹沢さんの回答の通りで蛇足になりますが,一言。
流しやトイレや風呂場の排水の構造はトラップ(わなとか防臭弁という意味)と言いまして,常時水が溜まる構造になっておりまして,それで,下水の匂いの逆流を防ぐ仕組みになっています。
それで,掃除した後は,元通りに戻しておく必要があります。
また,常時水が溜まっている状態を維持する必要があります。
トイレなど，長く使用しないで,水が抜けていると,やはり同様に匂いの問題が発生します。
この場合は少し水を入れてやると匂いの問題は解決します。
下水管は汚水だけではなく,空気も流れますので,トラップが無いと,匂いも出るわけです。
下水管が極端に汚染されているわけではありませんので,ご安心ください。

　風呂の排水は下水もしくは浄化槽に直接つながっているため、トラップ（あなたの言う蓋と筒の事）を外してしまうと匂いが上がってきます。特に浄化槽の場合、ブロアーで常に空気を送り込んでいるので少しの隙間があっても匂いが逆流します。
　匂いを止める為に、その部品があるということです。