土地のご契約内容についてはさておき、

＞土地が100年住宅に適応していないため、長期優良住宅の申請が通らなかった

文言が正確であればこの部分、、、、あり得ないお話と思います。長期優良住宅（以降「長優」）で、土地（敷地）に関わる審査項目は「その地域に地区計画や地域協定がある場合はそれを守る事」の一点です。これは、長優に限らず、確認申請絡みでも必要な事項ですので、普通の建物であれば、その条件に合わせて設計するだけでOKです。少なくとも「土地が長優に適応していない」なんて事はありません。また、その他の長優の審査項目は「建物」に関する事ばかりですから、当然、基準に合わせて設計するだけです。その土地に合わせた設計が、何らかの理由で出来なかった、、、というのはあり得ますが、そうなると、設計能力の問題です。よしんば土地が原因で長優が取れないのであれば、確認申請すら通らない、、、、建物の建てられない土地と言わざるを得ません。どうも、、、釈然としませんねぇ・・・・・。

また、長優によって得られるインセンティブは、補助金と固定資産税だけではありません。仮に長優だった場合、登録免許税、不動産取得税、また、フォアマンさんの所得やローン残債金額によっては、所得税特別控除、ローン減税優遇など様々です。念のため、木のいえ事業に申し込んで得られたであろう補助金は100〜120万円です。更に、フラットを使う予定だったのであれば、長優は無条件で35Ｓ金利下げタイプに対応しています。その金利がぶっ飛んでしまいました。条件にもよりますが、数百万の得られるであろう利益を滅失した可能性があります。

不受理で返された返された30万との事ですが、長優の申請に、そんなに費用はかかりません。審査機関に支払うのは数万円（機関によって異なります）です。仮に長優にするために必要な構造計算料だったのであれば、納得がいきますが、そうであれば、フォアマンさんに何ら非はありませんので、その不動産屋さんが負担すべき費用です。不受理であっても一回、受付をすると必ず審査機関の領収証や引き受け証が発行されますので、それで確認してください。。変です。。。

弊社において、全国の工務店さんの長優申請のサポートをしていますが、はじめて経験する業者さんには、少々、ハードルが高いかもしれません。また、木のいえ事業も、いくつか条件があり、宅建業者さん（不動産屋さん）は安易に考えている方もいらっしゃるかもしれません。

邪推かもしれませんが、不動産屋さんが思っていたほど、簡単では無かったので、「土地」を理由にしているだけのように感じます。

残念ながら、少々、めんどくさい話になりそうです。不動産屋さんと交渉に入る前に、長優に関して実績が多く、経験の豊かな設計事務所さんに相談して、予備知識武装をしておいた方が宜しいかと思います。


【注記】
区画整理など施行中で、稀に、都市計画法等の定め等により、長期優良住宅の認定が受けられない地域が存在しています。
詳細は、事前に地域の市町村都市計画担当部署にお問い合わせください。