水抜き穴の有効性と擁壁コンクリートのヒビは直接関係はないと思われます。
擁壁内に溜まった水が水抜き穴に命中して流れでる確率は極めて低いのです。

コンクリートのクラック要因は、長さ10ｍのコンクリート製L字擁壁にエキスパンドジョイントと云って、地盤の動きを吸収する継ぎ足し部分の有無や位置に関係していると思われます。

しかし、1ミリ程度のヒビであれば、深刻な状態にないとも思われます。
シミでる白っぽい液体も、コンクリートのカルシューム成分の可能性が強いと思います。
浸透性の良い地盤では水抜き穴が殆ど機能しない場合が多くあります。
また、コンクリート擁壁に深刻な状況であれば、外側にのめり込むような傾斜が認められた時です。

本件においては、写真がないので文章ニュアンスから推察し、花壇の構築に支障はないと思慮されます。