ごめんなさい。

＞こちらのミスで申請できておらず長期優良住宅になっていなかった

この部分の意味が捉えられずにいます。

「申請できておらず」の部分から推測すると、「技術的適合申請」は済んだが、何らかの事情で、行政に出す「長期優良住宅申請」が出来なかったようにも受け止められますし、単に設計内容が「技術的」な要件を満たしておらず、「技術的適合」が得られなかったのかな？とも受け止められます。後者であれば、設計内容を変更すれば、今からでも対応可能です。

また、「木のいえ事業」の100万円の補助金が得られなかった事をおっしゃっているのかな？とも受け止められます。

また、「やっと建てたマイホーム」とありますので、もう竣工しいるように受け止めましたが、長期優良住宅に関しては認可が出なければ、着工してはいけない事になっています。という事は、間違いなく着工前に「申請している」はずで、「申請していないまま、着工、、、竣工してしまった」のかなとも思えます。

もう少し、細かな情報を頂ければ、的確にアドバイスが可能なのですが・・・・。

手続き的な要素としては栃木先生が回答して戴いております。
そもそも長期優良住宅とは、家の性能が住宅性能評価において
?温熱性能が最高等級
?耐震等級が二等級以上
?劣化維持等級
?維持管理等級など、第三者評価機関での適合評価を受ける必要があります。
栃木先生が回答のように上記の性能を持った家でありながら、申請手続きを逸したのかどうかです。
長期優良住宅の適合住宅は、税制面優遇、補助金優遇などが受けられ、また中古になってからの資産価値が低下しないなどの利点あります。
一方、当然ながら建築費用や手続き費用などに相応のイニシャルコストもかかります。
上記の要件精査しての情報をもらえれば栃木先生から詳しい回答が得る事可能と思われます。

困りましたね。少々、メンドクサイ話になりそうです。

＞住宅そのものは長期優良の条件を満たしたものとなっているとのことですが、着工前に長期認定の申請を担当者が出さなかったようです・・・ですが、社内では長期認定がとれたかの文書を偽造し着工したようでした。

手続き上はあり得るケースです。長期優良住宅は手続き上、「技術的適合申請」「行政庁に提出する長期優良住宅申請」の2段階になっており、いただいた情報が正しければ、「技術的適合申請」は降りたが、その後行政に提出する届けを失念したという捉え方が普通だと思います。その場合は「長期優良住宅に関する技術的適合証」という物があるはずです。
そうであれば、少なくとも「設計段階」では「長期優良住宅の設計条件は満たしている」という事になります。

建設業者さんから、「技術的適合証」を見せて貰って下さい。存在しているのであれば、それを入手して、原本は新築ガールさんが確実に保管してください。（書類や図面、計算書などがファイルになっていますので、それら全てを入手してください）

ただ、、、ぞれが無いとなると、「技術的適合申請」すら行っていなかった事になります。となると、「長期優良の条件を満たしたものとなっている」という部分がかなり怪しいものとなりますし、担当者が手続きを失念したレベルでは無くなります。

正直、実務者の立場で考えると、こちらのケースの確率が高いように思われます。と、言いますのも、一般の建築業者にとって長期優良住宅の設計はハードルが低いものではありません。特に構造に関する部分と断熱に関する部分は、今までやった事の無い会社にとっては、ハードルが高いです。ましてや新築ガールさんのお住まいは九州のようですから、断熱に関してはかなりハードルが高いと思います。契約の時点で「長期優良住宅」という事が判っていれば、かなり覚悟して臨まなければなりません。それを、、、「担当者が出さなかった」というのは普通では信じられません。

「技術的適合証」が無いとなれば、あくまでも「【自称】長期優良住宅」というだけであり、「長期優良の条件を満たしたものとなっている」可能性はかなり低いと思います。

弊社のように長期優良住宅申請の数を、そこそこにこなしている会社でも、技術的適合申請を提出して、内容が無条件でＯＫという事はありません。必ず何がしか、審査機関から指導を頂戴し、技術的な解釈の摺り合わせを行っています。

本音を言いますと、会社ごと「悪意」「故意」の臭いも感じますし、そうでない「単なる過失」だとしても、引渡しを受けた住宅が「長期優良住宅の性能を確保している」というのは、かなり疑問です。

また、技術的適合証があったとしても、あくまでも「設計段階」では適合していたというだけであり、実際の建物が、「長期優良住宅」の性能があるかどうか、、、設計どおりに施工されているかどうかは全く別の問題です。

まずは｢技術的適合証」の存在を確認してください。（必ず原本を「目」で確かめてくださいね）

損害額に関しては、私が査定するような権利は持ち合わせておりませんので、今後は弁護士さんの仕事になるかと思いますが、それにしても「事実確認」のために「技術的適合証」の存在が鍵になります。