全くの当て推量ですが,鉄の熱による膨張率と木の膨張率の違いが原因かなと思いました。
対策はちょっと思い付きません。

鉄の熱膨張率はかなり大きいです。
そのため,夏冬の気温の変化に対応させるため,レールや鉄橋に比較的大きな隙間,逃げが設けてあるのは御存知だと思います。
一方,木の熱膨張率は極めて小さいです。
さらに,湿度の変化による膨張率はこの反対で,鉄はゼロに等しく,木は極めて大きくなります。
そこで,一般的に気温が上昇すると温度が上がり,反対に,相対湿度は下がります。
従って,夜間から昼間にかけて,鉄は膨張し,木は収縮する傾向が強くなります。
この差が,ズレ,あるいはズリを生じ,音の発生源になっている可能性が考えられます。
熱膨張率,湿度に対する膨張率は物質固有の性質なので,年数で大きく変化することはありません。
鉄材と木材のとりあいの部分で,何らかの方法でうまく緩衝できれば問題は解決するかもしれませんね。

あれから少し考えてみました。
大きなホームセンターにシリコンオイルのスプレー缶が売ってます。
1缶数百円程度だと思います。
これを,鉄と木のこすれそうなところにタップリ吹きかけてみます。
これで音が軽減するようでしたら,その接触面に何か緩衝材を挟めば,解決できるかもしれませんね。
シリコンオイルは直ぐに乾いてしまいますので,音が出る場所が特定できれば,その場所に例えばゴム板を挟むとか,グリスを塗るとかして対策がとれるかなと思いました。
ともかくカットアンドトライであれこれやってみるしか無いかもしれませんね。
私だと,多分あまり気にしないで,そのまま暮らすのかなと思います。
やはり木は生きとるなぁと呑気に構えているでしょうかね。