築1年とは様々な事象が現れる時期でもあります。
特に無垢材を使用した床の場合、その乾燥状態（木材含水量）で隙間やソリ、場合によっては本件のようなカビなどが出る場合もあります。
本件は、そのような課題を防ぐためのオイル塗りだったのかも知れません。

無垢材の良さを生かすには、米糠で根気よく磨きあげると自然な艶の風合いを愉しむ事が出来るものです。
いずれにせよカビの発生は、湿気と大きく関わっている場合が殆んどです。
床材の含水量（計測器は木材店にあると思います）を計測して貰うべきです。

製品含水量は15％以下にキープされており、それが20、30％に増えているようなら床下に要因があり、必然的に床下も芳しい状態になっていない場合が殆んどです。土台や柱が腐食する予兆であり、その場合は床下乾燥を促す対処方法を実施する事になります。

床下に問題がなかった場合は、やはりオイルの塗り過ぎが要因なのでしょう。
家具の一部のカビもそのオイルが要因と云う事になりますがその場合、施工者への要求は、家具のカビを完全除去させ、カビを再発生させない事を約束してもらう事が相当だと思われます。

家は住んで生活していると今後もまた色々な事象が出てくものです。
業者と上手に付き合って、メンテナンスを友好的に実践させるのが賢明な建主さんと云えます。