あくまで厳正に、厳格に法に当てはめれば、一箇所でも薄かったら、
・・・絶対にNGです。
が、・・・・・・　というところでしょうか。

　まず、捨てコンは、法的に義務化されたものではないです。
ようは、墨出しをしやすかったり、不陸がとりやすかったり、施工上の便宜のため。ということが、主になります。
　
　ただ、今回の場合、捨てコンがあった方が良かったのかもしれません。
法的に云々ではなく、ベースの型枠をつける時、コンクリートを打設するとき、
枠やコンクリ天端の寸法の安定性が増すでしょう。
　１５０という規格で枠をつけ、コンクリートを打設しても、砂利の不陸で、高い部分のコンクリートが薄くなったものと思います。
　１２０なり、１３０なりで施工したものでは無い。から、「問題無い」と、ビルダーが言うのですね。
　この不陸を考えてコンクリートを打設すると、１８０の厚さを施工する事になります。それが、(法的ではなく）強度的に必要か？というと、そうでもないと思います。それが、ビルダーが「問題無い」という、二つ目の理由でしょう。

　厳密に法を遵守する事は、もちろん必要ですし、なあなあで、良いとは言いません。ただ、「目くじら立てる」部分と、鷹揚にかまえても問題無い部分があると、思います。
　

　いい加減　・・・　と言われると、返す言葉はありません。

ただ、法律は、決していい加減ではないですよ。
実務的に、融通が利かないくらいの時もあるくらいです。

　今回の場合、施工精度の許容範囲の問題ではないですか？
「技術屋さん」たちは、ミリを百倍も千倍も割って、考えます。
昔から大工の世界は「一分二分は、芸者の花」の世界ですからね。
決してそれで、良いとは言ってませんが、
最大40mmの、０−４０という砂利を、ミリ単位では、不陸調整（表面、高さの管理）は出来ないと思いますが？　言い訳でしょうか。　
　精度が、どの程度要求され、どの程度が、可能な範囲か。部材、部位によって、差があることは、致し方ないのではないでしょうか？
　決して、今回のこの状況が、「良好」とも、「問題なし」とも言いません。
捨てコンが、無かったという施工で、これが、許容範囲の限界ぎりぎり？ってところかな？と。

　クラックの件は、写真が見れると良いのですが？

建築基準法に限らず、法律とは、一ミリでも足りないものは違法となります。
建築施工は工事現場ごとに環境がことなるため、細かい寸法に拘らない風習があるようです。しかしながら消費者保護の法律として瑕疵担保履行法と云うのが制定されております。

質問書にも出てきますが、「建築基準法に満たないところはビルダーに修繕させなさい！瑕疵担保責任保険に入っているんだから保険でやらせなさい」との進言はあまりにも無知すぎます。
工事途中でのミスに対する補修や修繕には瑕疵保険の適用は受けられません。

瑕疵担保履行法とは、住宅が竣工するまでのプロセス（設計・施工など）で瑕疵があり、その瑕疵が要因で構造体に問題が発生した場合に対象となります。
本件のような基礎工事などの強度不足は、まさにその瑕疵に相当します。

この瑕疵担保履行法を適用するには、それが要因の問題発生の後になる事になります。
問題が発生した時の紛争で多いのが、竣工プロセスでの瑕疵で在るか否かです。
したがって、本件においては問題が発生した段階で確実に瑕疵担保履行法の対象である事を立証できるよう、多くの写真を撮ってファイルしておくべきです。

瑕疵担保履行法で保険適用を受けたとしても、施工者側は多くの負担を背負うことになります。写真ファイルは、手抜き施工をさせない抑止力になるでしょう。