まず、ユニットバス内部の乾燥は、どうなのでしょうか？
お風呂がぬれているのは、当たり前。・・・・なら　赤信号です。
入浴中以外は、換気扇が回りっぱなし。・・・・当然、ほぼ乾燥状態。　にしたいのです。

　カビが、湿潤環境を好むのは、常識です。
コーキングをかぶせても、打ち替えても、浴室が湿気だらけでは、カビの天国です。

　第一に、入浴中以外は、換気扇は運転してください。
窓があれば、あけておいてください。
　第二には、浴槽には水を張らない方がいいかも？入ってる場合、あるいは最近のトレンド？で、「非常用の水」の意味で浴槽に水を張っている場合もありますが、その場合は、必ず、忘れず、「蓋をしてください」
　第3ですが、浴室の換気扇を増している間(窓の場合は、必ずしもですが）脱衣室との間のドア(ユニットバスの入り口）は少しでもあけておいてください。

　これらはすべて、浴室を「乾燥」させるためのことです。

>それでこの度、相談させて頂きたいのが、これらコーキングが劣化し水漏れが発生した場合、直に床下の断熱材等に影響するものなのか、それとも構造的に二次的な防水対策がされているものなのでしょうか？　

　どの程度かは、メーカによる違い、現場組み立て時の施工精度等に左右されますが、必ずしも、即、漏水・・・は、無いはずです。
　
　もちろん、漏水しないわけではないし、した場合は、「繊維系の断熱材」なら、問題があります。
　
　長期的には家そのものには、決して良くはありませんし、「水」より、水蒸気、湿気の方が、悪影響があります。特に最近は高気密高断熱の住宅が当たりまえですから。

　コーキングの全面の撤去・・・打ち替え。は、
自分でやるは論外として、プロの仕事でも、わたし自身は、あまり、おすすめできません。
　現在、コーキングの完全除去は不可能と考えます。（完全撤去にとどまります）
再コーキング時にそれが、どう働くか？悪く、働かなければ問題ないのでしょうが。
　再コーキングの施工精度の心配。それと、乾燥状態が従前と同じなら、コーキングの打ち直しは、意味を持たないと考えますし。

>第3ですが、浴室の換気扇を増している間(窓の場合は、必ずしもですが）脱衣室との間のドア(ユニットバスの入り口）は少しでもあけておいてください。

　間違えてました。ね、すみません。
浴室の換気扇を・回している間・です。
　ちなみに、窓を開けている間は、逆に浴室から他の室内へ流出する。と言う可能性があり、「必ずしも」という表現をしております。