>■実施事項
>　　　2階のトイレを一度分解し、ゴムパッキンを追加（密着性強化）
>　　　※業者さんの話だと、ここ以外に臭いが漏れる部分はない。とのことです

　過去に、同じような事例を経験しましたが、そのときは、ゴムパッキンと、便器そのものを交換して、成功？しました。

　ここまでやって、だめということであれば、
　
　便器の形状？を確認してみてください。
　床より下に便器の排水が伸びている？床より上に配水管を伸ばしておいて、設置する。それにより、変わると配管業者に話を聞いた覚えがあります。

　配水管が通っている床の開口の周り、つまり木部周り。そこに、隙間、漏れがありませんか？出来れば、床を張り替え覚悟で、本来目に見えない部分を、確認してみてください。漏れの跡があれば、めっけものです。

　配管そのものを順にたどっていって、漏れや不具合を探してみましょう。

　案外と、「え？」というところが見つかるかもしれません。

　二階ということであれば、配水管が、「エルボ」を多用しているかもしれません。そのために、固形物、汚物が残り気味かもしれません。

　既成観念を一時忘れて、管をたどって見ましょう。

　水位・・・要は「封水切れ」ですが、
蓋をした場合としない場合で、極端に違う？か、否かで、見当はつきます。

　封水切れがあったとして、原因的には
自然蒸発、漏水、便器内部の欠け、割れによる水位の変化・・・でしょうか？

　自然蒸発は、どうしょうない。頻繁に確認するくらいですが、
他の要因は、便器自体の交換で直る可能性は高いですね。

　ちなみに、二階トイレの換気は、どうなってますか？
換気扇でない？は論外ですが、
回ってますか？詰まってませんか？ゴミが付着しすぎて、性能が落ちてませんか？
　一応、疑ってみてください。

排水設備には、トラップの機能を維持するために、通気管が必要です。
但し、戸建住戸の場合は通気管を省略することがあります。
通常排水管径をワンランクアップして対応しています。

デコさん宅の排水設備には通気管がありますか？
通気管がないと、1階のトイレを流した際に、２階の便器トラップ内の水が引っ張られます。
吸引されて、どの程度水位が下るかは、排水管の状況（管径・距離・勾配・接続器具他）により異なります。

一度で全ての水が抜けることはありませんが、何度も使っているうちに、水位が下って、ギリギリの状態になるものと思われます。
ギリギリの状態の場合は、２階便器トラップはすぐに封水切れとなり空気が引っ張られますから、水は流出せず、１階トイレが流し終わると便器内の水が元に戻ってギリギリの封水状態は維持できる、という状況ではないでしょうか？

この過程で、臭気がでるのか、封水が完全に切れて（水位がギリギリ以下になって）排水管内の臭気が出て来るのか、文面だけでは判断できません。

１階のトイレの水を流した際に、２階の便器の水位がどのように変わるか確認してみてください。一般的には、水面が上下する程度です。
水位の下り方が大きいようでしたら、通気管の不備といえます。

自然蒸発の要因は小さいと思います。但し、封水部分から、排水管接続部の間に、繊維状のものがあると、毛細管現象で封水が切れることがあります。そのようなものが付着していないか確認下さい。

もう一つの原因に、気密度があります。
最近の建物は気密度が高いので、給気口を開かずに換気扇類（特にレンジフード）を運転すると、トラップから水が吹き上げます。
ワンルームマンションなど、全体的に給気口やサッシの隙間が小さい場合によく発生します。
（小生の過去の相談事例を参照下さい）

戸建住宅では余り聞かないトラブルですが、２階便器の封水レベルがギリギリとのことなので、この原因も挙げました。
レンジフード運転時に、排水管内の臭気を吸引し、停止時にには、ギリギリの水位を保っているのかもしれません。

給気口を全て閉めて、レンジフードを運転し、便器の水位変動を確認してください。

通気管がないために２階便器封水の水位が下る対策としては、「通気弁」の設置が有効です。
取り付け位置は、便器の近くが望ましいですが、天井内配管の途中でも良いかもしれません。施工業者に通気弁のメーカーに確認させてください。

他の回答者の方の原因も考えられますが、先ずは、通気管の有無と１階排水時のレベル変化を確認下さい。

ドルゴ通気弁は通気口の代わりとなります。
排水通気に関しては、これが付いていれば問題ありません。
もちろん、２階トイレの水位はそれほど下らないはずです。ギリギリまで下がるということは、換気設備も含めて何か理由があるのかもしれません。
水位の変化を確認してください。

ドルゴの動作確認はメーカーの方がやったのですか？
取り付け箇所や配管サイズなど一応基準がありますので、業者さんだけ見たのなら、念のためメーカーの方に見てもらってください。

水漏れはなくて、臭気だけが出て来るということは、通気管のつなぎ目（継ぎ手）にわずかな隙間があることも考えられます。
２階のトイレから天井裏まで、通気管がどこを通っているかまた、材質や繋ぎ方がどうなっているか不明ですが、トイレ内に継ぎ手がある場合は、その部分から臭気が洩れる可能性があります。
建物の気密度が高いということですから、換気扇類の運転で排水管内の臭気を引っ張る恐れもあります。
（その場合は、水位低下の理由が分かりませんが・・・）

大便器の水位はあげられません。排水側にあふれるような構造になっています。
こまめに、水を補給してください。