施工状態の状況の写真ないので文章からの推察回答文となります。
基礎の上に土台が載る面が真っ平らになっていて、上からの荷重を均等に受けられるに越したことはありません。
しかし基礎パッキン方式では、1m程度の間隔をあけて土台を受け、つまりパッキンの無いところが空洞になっています。

下部の基礎コンクリート（挿入した鉄筋も含め）がしっかりと強度が確保されていると、基礎上部の出来あがりでさほど深刻な影響は与えないものです。
この基礎部分は主要構造部になり、ここに不具合が生じますと施工者は、「瑕疵担保責任」と云う、法的責任を負うことになります。

しかしながら施工者側の工事管理の感覚も問われます。
良い仕事をする業者さんは、養生テープが挟まったままに放置することなどしないと思われ、今後の工事進捗も注視する必要がありそうです。

とは言え、施工者側との信頼関係の構築も大切にしなければなりません。
疑念があったら、しかっかりと指摘し会い、互いにストレスを抱えないようにして、家づくりを楽しんでください。