集成材からヤニが浮き出ると云う事例を聞いたことはありません。
ちなみに「E105-F300」とはベイマツ、ダフリカカラマツかヒノキ、ヒバ、カラマツ等でスプールスはE95-F270の記号で表記します。

本件のシミの要因は少なくとも構造木部材からのヤニによるものではないと思慮されます。
湿気透過性の有する「珪藻土クロス」を採用との事ですが要因としては、接着糊が乾燥せずにカビになる場合があります。
しかし、2年も経過して唐突に浮き出ることには説明つかない部分もあります。

最も可能性があるのが、雨水など漏水によるシミか、内部結露などでのシミも考慮に入れるべきでしょう。
有償、無償はともかく、その要因特定が先決です。
雨漏りなどの施工上の瑕疵が要因の場合は、工務店に当然ながら法的な無償対応を要請出来ます。

　モニターによって、見え方がちがうようです。
私が見えた感じでは、

　キンカメさんが言うように、張り替えが早いと思います。
症状が、表面だけではないと、思われるからです。
申し訳ありませんが、原因は、わかりません。

　キンカメさんが言うように、早いほうがいいとは思いますが、
珪藻土クロス・・と言うことですので、廃盤と言うより、製品個々の色合いの差、日焼け（色の退化）などの方で、変わる部分が多いと思います。
　それにしても、面単位（同じ面で貼り替えの線画でないようにする）で行えば、目立ちにくいでしょう。

　クラビアさんの言われるように、塗装ですが、
この場合は、（私が見えた感じでは）濃い色で仕上げるなら、目立ちにくいかもしれませんが、薄い色なら、再び　ムラ、汚れ・・・として見えてくる気がします。同じように、珪藻土塗料も、濃い色なら。という、気がします。
　塗料より、珪藻土の方が、より出る　気がします。

　珪藻土にしろ、クロスにしろ、薄い色合いは、光の加減、下地の良否など、
表面に響きやすい気がします。無地ならなおさら。
　柄のあるもの。少し濃いめのもの。少し厚めのもの。それらを、選定することが、いいのではないでしょうか？
　
　原因が完全にわかりませんので、下地からの「色・汚れ・など」と仮定すると、張り替えによっても、再度出る可能性は否定できません。お心置きをお願いします。