家は、生きています。動いています。
「身震い」くらいしますよ？

　あなたも、歩いたり動いたりすると、「衣擦れ」の音くらいしませんか？

　同じ姿勢を続けたくはないでしょう？
家だって、肩こる前に、少しくらい動きます。

　寝返り打たないでは、床ずれになってしまいます。

　家をもうちょっと、「擬人化」してみると、
そういう意味で　愛情(愛着）が、もてると思います。

　病気だとか、病的な状態かも？
そのような時の「相談室」です。
「大丈夫」の言葉で安心することも、必要です。
また、お気軽にお越しくださいませ。

皆さん、、例えが、抽象的、芸術的で、、、(^ｍ^;;

多分、木が乾燥収縮していｒ音だと思います。
夜中など、静かな時間ですと、存外大きな音ですので結構、ビックリなさるかもしれません。

私の場合、お引渡しの時に、1年位は続きますから、あきらめてください。とお伝えします。
お話を伺う範囲ですと、心配ないと思いますよ。

他の回答者の先生方が仰せのように木材は含水量15％ていどでも、最終的には10％を切るくらいまで乾燥します。乾燥収縮の際に、細かい縦ヒビが2ミリ、3ミリ、5ミリと開く際に発する音の可能性が大であると云えます。
また構造木材と補足材料との収縮率の違いから、突き付け面で音が発生する事があります。
いずれも木造住宅に住む際の木材収縮ハーモニーとして聞き流すべきでしょう。

少し気になるのが8月竣工で、この時期になるタイミングです。
湿度の高い夏場では収縮現象は少なく、外気が寒くなって乾燥し、暖房し始めてからのタイミングだと間違いなく乾燥収縮音だと云えます。

3階建ての１階天井付近と云のも収縮音の発生セオリーが少し異なる気もします。
一番、収縮音の発生する箇所は３階天井裏の木材です。
木材の収縮なら何の心配はありませんが、設備関連の機器や配管固定バンドなどから発生する音もあります。
設備関連の事象音は、漏水などのトラブルに繋がる場合もあり、一応、考慮しつつ対処してみるべきでしょう。

施工工務店（ハウスメーカー）を通じて設備屋さんにも検証して戴く事をお勧めします。