マンションということでしたら、木質フロアではなく、防音性能を重視したモノではないでしょうか？
　であれば、(あくまで私の考えですが）表面のワックスをはがしてからのワックスのかけ直しが、良いのかな？と思います。

　もちろん、一部とはいえ、張り替えを望むならば、そちらの方が良いとは思います。
　一部ですと、どうしても　色柄の違和感が出ます。それの程度に関しては
ケースバイケースというか、やってみなければ、わからない。が正直なところです。一番問題がない状態でも、数ヶ月くらいは、違和感があり、徐々に他の部分と同化してわからなくなります。

　全面とは言わなくとも、一部分のとらえ方で、目立たなく計画出来れば、そちらが良いかもしれません。
　使う予定の「建材」、張り替えるつもりの範囲等をよく相談されたら、良いでしょう。カタログの色柄ではなく、現物見本を見て、(本当なら、実際に張る建材を並べてみるのが最善です）決めたら、問題も少ないでしょう。
　
　張り替えに伴って、既存のものをはがしたときの不陸が生じ、張り替え後にもその不陸が見える場合もあります。施工者側とよく相談されることをおすすめします。

　

　フローリング下のカビ・・・ですが、
マンションということであれば、木質フロアの使用ではないと、考えられます。
であれば、裏は樹脂系のモノですし、接着されていると考えられます。
材料自体も、意外に薄いモノのはずですが、いかがでしょうか？

　であれば、今回の事故では、すーみさんのご心配は、あまり必要のない心配と思います。もちろん、問題と、心配がゼロではありませんが、
一般に考える、木質系の材料と同じ心配は、いらないと考えています。

　ここで、私の考えに反して、木質フロア12mmとかのモノであれば、また、別の考えになりますね。

築4年という事であれば、竹沢さんのおっしゃる通り、フローリングと言っても樹脂系の張物では無いかと推察します。そうであれば、築年も浅く、施工者に問い合わせれば、品番など判りますし、全て張り替えた方がお安くなるはずです。ただ、その場合、分譲であれば「上げ床」になっていると思いますので、下地と言っても、床材そのものでは無く、「上げ床」を構成している合板にカビなどの可能性は無きにしもあらずですね。

まれに、いわゆる「木（コンマ数ミリ）」の裏側に合板とゴムを圧着したフローリング（と呼ばれる物）を使用している場合があろうかと思いますが、その場合は、コンクリート床に直貼りがほとんどと思います。カビなどの心配は無用と思いますが、部分的に張り替えるのは至難の技です。表面変化が気になるようであれば、全面張り替えになりますが、時間がかかりますので、お住まいになっていると、負担が大きいです。

築4年の分譲マンションであれば、いわゆる表面のフローリングとは別に、「上げ床（アジャｒストフロアー）」にしている場合がほとんどと思います。表面のお話より、むしろそちらに水が廻っていないかご確認ください。
床点検口があれば、そこから、、、無ければ物入れ、押し入れ、キッチン下、洗面台下などの床の一部をはがせば、ファイバースコープですぐに確認できます。
床下は間仕切りと関係なく、ズーッと見渡せます。

分譲マンションであれば、点検調査費用、復旧費用も保険対応となりますので、いろいろとご心配なようであれば、早々に、お調べいただき、「正確な」情報把握をされてください。管理会社で対応してくれるはずです。ご不安は理解できますが、○○であれば、、○○だとしたら、、では無く、まずは、状況把握をされてください。仮定の話であれば、我々もいろいろな可能性に頭が廻りますので、、、、。

素人判断で、変な工事を先走ってしまうと、その工事はすーみさんが勝手にやった「現況復旧に関して不要の工事」として保険対応にならない場合もありますよ。