あくまでも、写真でしか言うことは出来ないのですが、
大きさ、場所的に、写真上は問題は感じませんでした。

　増築工事で、基礎を壊すことは、
場所と、大きさをよく検討すれば、逆に必要なことでもあります。

　全体の間取り、基礎伏せがわからないのですが、
たとえば、本屋部分と、増築部分の基礎間で、人通口が無いわけにはいきません。換気もされなければいけませんので、換気口も開けられます。

　さらに、言われているように、給排水工事のためにも、必要なモノと言えます。
　強度的に考慮されての開口であれば、「補修」は必要ないし、ふさがない方が、良いとまで言えます。

　あくまで、写真では、部分なので、全体を見渡し、問題ないことが、求められますが。