写真で見る限り、かなり深刻な状況にあります。
どんな家でも、床下は常に乾燥状態にしておく事が必須です。
既に土台や大引きなどの構造部材に不朽菌が発生しており、このままではやがて腐ってしまいます。

このような状態を改善するには、敷地の地下水面位（地面を掘って湧いてくる水面の高さ」を下げる必要があります。
山水を流す側溝が設置されているようですが、地下水面位を下げる作用が働いていないようです。
床下換気を行うにも調湿材を敷き込むにも、この地下水面位が高いと殆んど効果が出てこないものです。

【全体の水位を下げると言って基礎の横に穴を掘りましたが粘土質なので効果がありませんでした】と、の記述がありますが、施工者は地下水面位を下げる努力を行っているようです。
地盤の土壌特性にもよりますが、このような深刻な地盤の地下水面位を下げるには、家の周りに暗渠式の側溝を設置しなければ実効が出来ないものです。

外部地盤面（GL）と床下面の高さを計測してみてください。
基本は、床下面の高さがGLより、かなり高くなっていなければなりません。
地下水面位の低いところでは、雨水が地下浸透するの心配をする事もないのですが、水面位の高い敷地では、雨が直ぐに床下に回ってしまいます。

敷地や建物の都合もありますが、文章と写真で見る限り、家の外周に暗渠式側溝を取り付ける事が急務であると思われます。
その外周側溝もその排水口の先が、しかっかりと公共の側溝に流れる出る高さを保っていなければなりません。
そのような高さが確保できない敷地の場合は、取水ピットをつくり、ポンプアップする方法があります。

施工業者さんも事の重大さを認識しているように感じます。
上記の事項を参考にし、業者さんにしっかりと要請し連携しながら速やかに対処すべきと思います。