変成シリコンコーキングがアルミを腐食させることは無いと思います。
イオン化傾向というのがありまして,アルミよりもイオン化傾向が低い金属と接触するとアルミは腐食します。
鉄や銅などがそうですが,水銀などがアルミと接触すると見る見るアルミが溶けて行くのが分かります。
建材の場合は表面がアルマイト加工が施してあり,かなり耐久性が出るようになっています。