短いものは、いわゆる「アンカーボルト」とは、別物のように思いますが？
場所、長さ、太さ。。。。。どう見ても、ちがいます。
　何を目的とした、何なのかを、まず、質問してみることをおすすめします。

　その上で、後付、修正(熱を加えての）等の理由、可否を施工業者に相談してみたら、いかがでしょうか？

　悪意があってのモノなのか？否か？大丈夫か否か？
正体が不明で、コメントできません。ごめんなさい。

いわゆる「金物工法」と呼ばれるジョイント工法の柱脚部のアンカーですね。

これらに関しては、独自の特許工法で、いろいろな意味で、一般的な木造在来工法およびそれに付随する工法とは同列に論じられません。
かと言って、個別の工法のお名前を聞いたとしても、それらのマニュアルが無い限り、何ともお答えのしようがありません。

ただ、鉄骨構造は同様の止め方をしますが、そのボルトの補修として、ボルトにバーナーをかけて垂直にするのは、一昔前まで、よくある事でした。また、お写真を拝見する限りは、そんなにご心配になるほど程度の悪い基礎には見えません。
ご覧になってお判りのとおり、ある意味、不必要なくらい丈夫なボルトですので、多少、耐力の低減があったとしても、ご心配になるほどの事は無いと想像します。

＞工務店はありえないことで希望に沿いたいと言ってはいますが

そこそこ誠意のある工務店さんだと思います。不信感というのは、何も判らないという不安感と表裏一体で、まずは、最初から「不信感」を持ってお話合いに臨むのでは無く、「不安を無くす」ために、しっかりとお話を伺ってみてはいかがですか？
最初から「不信」ありきでは、何も進捗しません。

技術的に補修方法として、いくつか想像はできますが、まずは、先方のお話をフラットな心持ちで聴いてあげてください。