完成引渡し後なので対処の難しい問題ですね。
まず、気密性能を左右する室内側の防湿シートは換気口や窓廻りはテーピングで気密施工する必要があります。
また、コンセントやスイッチも気密ボックスや気密部材で気密性能を確保する必要があります。
この様な配慮を行なっても尚、２階床の取り合いなどで気密性能にバラツキが出るのが現状です。
気密性能については、完成後でも気密テストで数値として確認できます。
ご心配されている、壁内の結露による断熱性能の低下は完全な気密施工に比べると影響が無いとは言えません、腐りについては外部の通気層が機能している場合には、それほど心配は無いと思います。
しかし、透湿防水シートが施工されていない様なので外壁側から水がしみ込んだ場合に心配です。
モルタルに吹き付け塗装仕上げという事ですが、塗装と窓や換気口のシーリングの防水性能が維持出来ている間は通気層に漏水しないと思います。
しかし、経年変化に因る防水性能が低下した場合は透湿防水シートが無い分リスクがあるので、定期的なメンテナンスを心掛ける必要があります。
ご質問の部分は壁内部の事なので改修には多額の費用が発生すると思います。
気密施工については、絶対にこの様に施工しなくてはならないという決まりも無いので、書面で性能を明記していない限り諦めるしかないと思います。
しかし、設計に盛り込まれた透湿防水シートを施主に説明せずに中止したのは問題があります。
監理していただいた設計事務所には、施工内容を説明していただくしか無いと思いますが、事を荒立てずに建物のメンテナンスに協力していただいた方が良いとは思います。
勿論、設計内容と違う透湿防水シートの未施工については係争の対称に成ると思います。

ご質問の件、わかる範囲でお答えしたいと思います。

吹付塗装やコーキングは仕様や環境にも拠りますが、5年から7年でメンテナンスが必要に成ります。
塗装面はモルタル下地の防水紙もあるので、そのまま通気層には、しみ込まないと思います。
しかし、モルタルに染み込んだ雨水が窓廻りや換気口から通気層までしみ込む可能性はあります。
意外と、忘れがちですがインターホンや外部照明器具の電気配線の引き込みも防水処理する必要があります。
この様に、窓廻りや換気口のからの水の浸入を考慮すると、通気層に透湿防水シートによる最終防水ラインの施工が必要だと私は考えています。

建築士法では工事完了時に主要な材料や工事が設計図のとおりであることを確認し工事監理報告書をもって、建て主に報告する必要があります。
しかし、透湿防水シートがこの部分に該当するかは不明です。
また、四会連合協定の建築設計・監理等業務委託契約約款には、この様な場合の検討方法と施主への承認や報告について明記されています。
約款が添付されていなくても、設計図書や仕様書や見積書を元に工事契約を行っているのですから、契約内容と異なる施工は「瑕疵」に該当すると思います。
法律的な、相談については地方自治体で相談日をもうけていると思います。

あまり、お役に立た無いかも知れませんが少しでも参考に成れば幸いです。