確かに凄い事になっていますねぇ。。（*０*！

ただ、被覆を取ってしまった状態ですと、全ての現場がここまでとは言いませんが、配管は得てしてあまり美しい状態にはなっていません。
また、外構工事に伴う、、、ということですので、舗装屋さんか造園屋さんの下請けの設備工事屋さん、、あるいは元請さんの社員さんなどでちょっと器用な方の手で行われたと推察します。その場合、技術的なノウハウはほとんどありませんので、このようになりがちです。

＞不必要な取り回し、不必要な接続等、金額を上げるためのみのゴミの様な仕事

お腹立ちは良く判りますが、あまり感情的な物言いですと、双方、不愉快な思いをするだけです。
元請さんも、良好な状態では無いと認識されているでしょうから、配管工費分を、値引いていただく事は、交渉次第で可能だと思いますよ。

私もしがない「設計屋」ではありますが、さすがに面と向って「技術の無い設計屋のゴミのような仕事」と言われれば、意固地にもなります。そのあたり、上手く交渉してみてくださいね。