部屋の振動に関しての不安であれば、それは建物全体の問題です。rongziさんのお宅のバルコニーだけの問題ではありません。これは断言します。

バルコニーが落ちる、落ちないのご心配であっても、バルコニーが目に見えて劣化していない限り、問題ないと思いますよ。
例えば、金庫、ピアノ、本入り書架を、バルコニーいっぱい、足の踏み場も無いほど並べているのであれば、これは少々問題ですが・・・さすがにそんな事は無いでしょう。。

内側に置くのは理屈に合っていますので、それで安心できるのであれば、その方がいいでしょうね。。。

対策といっても、、、むしろ、暴風や再度の地震で、荷物が転落しないか心配です。

また、マンションの場合、原則バルコニーは荷物置き場や物干しの意味より「避難通路」として設計してあります。
お宅や、お隣で火災が発生した時は、隣戸や、下階に逃げ込むために、「蹴飛ばして壊してください」って書いた壁か、避難ハッチがありませんか？あるいは上階の方が下りてくる可能性もあります。

構造的な問題より、それらの避難通路を阻害しているとしたら、その方が大問題です。11F建ての5階であれば、上階の方々の生命を危険にさらす事になりかねません。

そういった意味で、、、バルコニーに荷物を置くのはやめてくださいね。