土台の接合部は水平応力が掛ります。
本件を写真で見る限り放置したままでは多くの問題が残ると思います。

配管の土台貫通は、本来、好ましい事ではありませんが、写真ていどの欠けで箇所数が少ないのではあれば許容範囲かと思われます。

土台接合の割れは、箱金物で包み込む措置が必要と思われます。
箱金物は箇所に応じて様々な形状があります。
その箱金物で丁寧に包み込む補強を行う必要があると思われます。

いわゆる一般的な剛床の工法であれば、福地さんのご見解のとおりなのですが、、拝見する限り、そのメーカーさんの独自工法のようですね（パネルに裏打ち？の断熱材がありますね。。）。。。止め方などをお写真で拝見する限り、みんながみんな力のかかる部材ではないような気もします。

パネル受けの金物も散見しますし、正直、なんのために下から（工事はしにくい）止めているのか？何に止めているのか？私には判断がつきません。

知見不足、、、すいません。メーカーさんに良くお話を伺ってみてはいかがでしょうか？

配管に関しては、「あまりいい事では無いが・・・・・・」という言い方にとどめておきます。

お写真でやっと、だいたい判断つきました。。(^^
見えている金物は断熱材受けで、断熱材を上から落とし込んでいるようですね。

まず、１階の床に関して、地震が起きた時の水平方向の力に対して頑張る必要は、、ほぼ、ありません。私が構造計算する場合、それは「無視」します。無論、頑張って頑丈にしてもいいのですが、コンクリートの基礎が周辺にあり、そちらの頑丈さの方が、はるかに大きいからです。鉄の箱に一生懸命、ガムテープで補強してもあまり意味ありませんよね。。。その点では、ご心配になっている箇所のほとんどは、ガムテープの端っこが、ちょっとめくれてる、、といった程度です。気分的にスッキリしないというなら、それは別問題ですが・・・・。

で、問題は、上からの力、つまり、乗っかった時に大丈夫？というトコですが、これもご心配になるような事は無いと思います。合板に乗った力は、プレカット図の縦方向の大引き（梁）に乗っかります。合版　実（サネ）無しとの事ですから、ご心配の部材のほとんどは、前述のガムテープで横方向のズレを止めている、、、というイメージのガムテープ部材です。少なくとも、床は抜けないでしょう。。。ただ、割れの部分が原因で床鳴りが起きる可能性はありそうですね。

よって、補強（金物、樹脂）するのは、構いませんし好ましいのですが、補強しなかったからと言って、「構造的」に実害があるか？といえば、、、、超微々たるもの。。。。と判断します。

以上は、、、「１階の床」に関してです。

構造的には１階の床と２階の床では、全く、意味が変わってきます。

２階の床も同様の工法であれば、もう少し丁寧な施工が望ましいですね。で、、ご心配になっている部位よりは、合板を止める「釘」の間隔や、止め方に注意してください。これは、壁の耐力壁にも言える事ですが、水平の力に対して頑張っているのは、実は「釘」です。

実験などで、どんどん、力を加えていくと、最初に、釘が抜けたり（パンチングアウトと言います）、釘が曲がったり（釘のせん断降伏）します。ようは、それを丈夫すればいいわけです。かといって、釘を必要以上（本数・間隔）に打ちすぎたり、めり込ませたりしてもよくありません。
大工さんも、現場担当も、結構、このあたりは勘違いされている方が多いようです。

こんなお答えで宜しかったでしょうか？

住まいとは住む人の実質的な安全とともに安心感をも与える必要があります。
本件の継ぎ手部分の欠損は、その上部に住居する人に少なからず不安を与える要素ともいえそうです。

箱金物には数百以上もの種類があり、それを組み合わせて使用する事も可能です。
本件部分の欠損で気になる箇所においては、床断熱材や床そのものを外しことなく、現況のままで包み込む補強金物が存在します。
わりと安価な補強ですので対応要請をなさったらいかがでしょうか。

福地さんのおっしゃる通りですね。。（＾▽＾

私の申し上げているのは、あくまでも「工学的」判断で、「心持ち」の部分は一切、申し上げておりません。。。

実際に安全かどうかと、「安心感」があるかどうかは、全く別問題です。

あとは、つまようじさんと施工者さんの関係の中で、ご判断くださいね・・・（＾ｍ＾）/