まず耐震性に関してのご質問ですが、ご心配の通り、壁の石膏ボードや壁下地の合板を耐震要素（耐震壁）として設計した場合は、釘の種類や釘の間隔など、 細かな規定があり、おっしゃっているような状況であれば、その壁は耐震的にまったく役立っていません。しかしながら、設計の時点で、その壁を耐震要素とし ているかどうかが、いただいた情報だけではわかりません。もし他の耐震要素（筋交い）などで、設計しているようであれば、耐震的にはまったく問題ありませ ん。建築された業者さんに、「筋交い計算書」「耐力壁検討書」などを提出してもらってください。これは確認申請上「添付」省略可能な図面ですが、設計者と して計算を省略していいということではありません。時として、その計算自体をまったく行っていない場合もあり（それでも、制度上は確認申請OKが出てしま います）そうなると、まったく別の次元のお話になります。もし提出自体を渋るようであれば、「問題あり」の確率高しと容易に推測できますので、信頼のおけ る第三者に、設計図一式をチェックしてもらってください。

巾木と床の隙間については、木造の場合、どうしても竣工後わずかながら床が下がる傾向があり、それを見越して、最初から隙間の空いている巾木を使用する 場合があります。それについては、当初から見越していることであり、「想定内」の事柄ですので、見た目が嫌だ！ということでなければ、安全上の支障はありません。