写真が無いと正確なアドバイスは難しいかと思います。

断熱改修の為に窓を取り替える作業はしばしば発生しますが,実はこれは結構大変なことなのです。
といいますのは,日本の建築工法では,躯体に窓を取り付けて,その後，外壁工事を行うからです。
考えてみれば雨の多い日本には適合した方法かもしれません。
しかし,このやり方は後から窓を取り替えようとすると,正式には壁を剥いで,外壁工事をやり直さなければなりません。
大掛かりなリフォームで壁を取り替える様な時には,これが可能になりますが,窓だけの交換だとそういうわけにはいきません。
それで,荒療治ではありますが,窓周辺の外壁を少し大きめに切り取って,窓周辺の躯体をむき出しにして,古い窓を外し,それから,新しい窓を取り付けて,窓周辺はトリム(窓を取り囲む飾りの木材)で補修するという流れになります。
というわけで,お宅の場合の作業の流れ自体は間違ってはいないように思います。
ただ,問題として,現実にはこの種の作業を行うケースは比較的少ないので,これをスマートに仕上げることができるかどうかは大工さんの腕,また創意工夫に掛かっているところがあります。
文面から判断しますと,お宅の場合はもしかしたら経験不足の面があったかもしれませんね。
1,2はやむを得ないとして,3は頂けませんね。
恐らく樹脂サッシに取り替えたのではないかと思いますが,樹脂サッシは剛性は無いので，取り付け枠がしっかりしていないと,変に歪むことが多いです。
現実に,この種の物件は良く見受けられます。
また,4も頂けませんね。
申し訳ないなから法的なことは良く分かりませんが,相手側に非があるとすれば,窓販売業者と良く話し合って妥協点が見つかるといいですね。
ただ,繰り返しになりますが,窓の取り替えは1,2はやむを得ない面がありますし,かなりの荒療治であることはご理解頂く必要があります。
それで,私は,窓の断熱改修の相談を受けた時は,古い窓はそのまま残して,内側にペアガラス入りの樹脂サッシを追加して二重サッシで対応するようにお薦めしています。
もちろん,うまく,古い窓を取り替えることができればそれが理想的なのですが,これをスマートにやってくれる業者を見つけることができるかどうかが要になります。
それは無理だとハッキリおっしゃる業者もおられますね。