構造に関してのみ。。。

柱の太さを標榜し地震に強いと広告しているメーカーなどがありますが、私見としては、いかがなものかと思います。
基本的には、「柱の太さ」と「地震に対する強さ」は、ほぼ相関関係はありません。
土台に関しても柱の太さに相当する巾があれば、、あとは、出来るだけ「硬い」材料であれば、少なくとも太さと地震に対しての強さとの相関関係はありません。
見た目が太い方が安心感がありますんで、一般の方々に対してプロモーションしやすい・・・というだけと考えています。

クラビアさんのおっしゃる2×4（面）と在来（線）の比較も、いろいろと論議の判れるところですが、かたちある物はいつか壊れます。壊れた時に、「全壊」してしまうか、「部分崩壊」で済むか、、、（いっつも風邪ひきさんだけど、重篤な病気にはならない、、のと、風邪などひかないけど、病気になったら必ず重い病、、、のどっちがいいですか？）の問題で、どこまでの地震を想定し、どの程度の壊れ方を想定するかで、結論が変わってきます。私はあまり意味のある論議とは考えていません。ご希望の間取りやコストパフォーマンスなどで、選択すべきでしょうが、それを一般の方に求めるのは酷ですね・・・(^ｍ^;;;

床に関しては（水平構面と言います）1階床をいくら頑丈にしても、意味はありません。2階床と、、そして、ほとんどの工務店さんは気づいていませんが、いわゆる「桁レベル」での構面を頑丈にすると、地震には強くなります。

＞柱・梁・桁等の構造材は集成材と無垢材を使用する計画ですが、国産の無垢材で、強度があり、リーズナブルな樹種をお教え下さい。

強度とコストを、相関関係として比較するのも無理があります。それが、できるようであれば、国内のメーカーさんのすべてが、同じ材料を使う事になります。部位や、間取りによって、適材適所。。。で、それをちゃんと選択できる能力がある設計屋さんを選ばれるのが、早道と思います。願わくば、「許容応力度計算」という、計算が出来る能力、、、あたりが、理想でしょうか。。。

個人的な思いとしては、お住まいの場所ですと、スギやアカマツ、カラマツなどが、産出されます。出来るだけ国産で地元産出の木材を使ってあげてください。和風であれば、スギ、、洋風であればカラマツ、、などなど選択肢はありますよね。（＾▽＾）
国産材を使うと、さまざまな優遇施策（補助金制度）もあります。

構造に関して、説明しだすと、教科書一冊必要になりますんで、、、このくらいで宜しいでしょうか。。。

　私も、他の方々と同じで、四寸角だから「強い」とは言えないと、考えます。

　さらに、実は四寸角にするということは、細々と変更なり、注意点が発生します。

　たとえば、建築の基本は「芯」です。ということは、柱が太くなる分だけ部屋面積が圧縮されます。わかりますよね？
　通常のGW断熱材は、100mmです。三寸五分の柱の中にちょうどおさまるわけです。四寸角に入れるなら、隙間だらけに入れるか？特注で120mmにするか？それとも・・・・？
　この件は、断熱性能の強化のために、四寸角を選択することもありますので、一概には言えないのですが。(100＋50で行うみたいですが）
　普通、木材の販売価格は、「体積」で計算します。ということは、木材の金額がその分かさむわけですね。それに見合う「何か」をどれほど得られるか？どれほど期待するか？になります。
　柱が四寸角、では、土台は？梁関係は？上の件にも関連しますが、梁の体積かける金額増加分を考える必要はあるでしょう？
　四寸で「梁」・・・・重いですよ。最近は「クレーン」で施工することが多いので、そんなでもない。と言いながら、構造計算でも、「自重」は、考慮しますよね？
　強度に関係ない部分ですが、「間柱」これも四寸でないと、おさまりません。
家全体が「四寸」仕様で、金額が動きますよ？

　と、脅かしておきます。

　最近は、構造金物で、これでもか！と固めます。
継ぎ手、仕口の強度は、恐れることは無いと思います。
木材本体の強度、断熱材の補強、建て主の自己満足度等、利点が無いわけでないですし、「ご予算」に余裕がお有りなら、止めさせる何ものもありません。