たしかにサビ自体は気にしなくとも、問題は無いと思います。

　手練りのモルタル。も、「がんばってください」ということになります。
この時点で、
「サビの原因物」を特定し、対策をしてからがおすすめです。
　キンカメさんの言う、「釘」ならば、抜けばOKですし、
型枠組立時などの「金物」の類ならば、撤去するか、あるいは削り取る（サビの出ている分、プラスアルファー）といいでしょう。その後、「サビ止め塗料」を塗って、モルタルを埋める、あるいはモルタルを盛る。ということで、やってみてください。
　因みに、「サビ止め塗装」は、スプレーが売ってます。ホームセンターなどで普通に入手が可能です。それが仕事しやすいでしょう。