ことさらに「釘を曲げる」ことの必要性は考えられません。
これが、何かの妨げになる、人の行動圏内にあり、危険だ。
などの理由でも無ければ、そのままでも何の問題も感じません。
　かといって、曲げてはいけません。ということではありませんので、
「自己責任」でどうぞ。

基礎コンクリートの錆も、屋根の釘も、家全体に特に悪い影響を及ぼすよう事はないと思われます。

施工現場とは、何十種もの業種と何十万個の備品がおりなって家を構成します。その中から気になるところだけをピックアップするとノイローゼになるくらいの量があるものです。

施工工務店に「つまようじ」さんが施工依頼したもの何かのご縁なのでしょう。
家をつくる過程と、出来てからメンテナンスフォローなど、施工工務店との付き合いが永くなります。何があっても工務店が対応可能な友好関係の構築です。
家づくりは、ご縁を絆に変える事が必要です。

施工工務店を信頼し、彼らが気持ちよく施工継続が出来る環境や雰囲気をつくるのが、もっとも賢明な家づくりと云えるでしょう。