いくつかの「認識」の違いと、施工上の稚拙さ（ミスとまでは言いません）が錯綜しているようですね。

まず、節に関しては「死に節（しにぶし）」とか「抜け節（ぬけぶし）」と呼ばれるものです。無い方がお高い品物にはなりますが、有るからと言って、不良品ではありません。

「カントリー風の鎧張り」とお申し出があれば、私でも、予算の事を考えて、あえてこの類の製品を選択する事はあり得ます。仮に私であれば、「木」の持つ荒っぽさを見せたいという主旨で、表面をかんな掛けしていないような製品も使ったりもします。節のある製品を使った事に関しては、双方の打ち合わせ不足、認識不足、説明不足として、どちらかが悪いと言い切れないような気がします。

「木」という天然素材を、そのまま使うのですから、収縮・変形は避けられません。どのように変形するか誰も予想できません。変形･収縮が許容できないようでしたら、サィディング、金属板などを使用すべきで、多少の変形も天然素材の「味」だね。。。というようなおおらかさも必要だと思います。ただ、、そのあたりのリスクを、ちゃんと説明していない施工者・設計者は、技術的に拙く、経験不足だったかもしれません。

また、「鎧貼り」である限り、抜け節があろうと無かろうと、暴風雨の時に「水は入ります」。「鎧貼り」とはその程度のものです。ただ、今まで室内まで漏水していない、お住まいが秋田、釘の部分の割れの具合などから推察すると、裏側に通気層のような仕掛けがあるのではないでしょうか？水が入っても、通気層から下に流れ落ちますので、必要以上に神経質になる必要は無いと思いますよ。

私の所見では、防腐剤を「後から」「表だけに」塗ったのが変形の原因だと思います。正確には、「先に」「裏面にも」防腐剤を塗るべきだったと思います。裏面に防腐剤を塗らないと、表と裏の収縮率（乾燥率）が変わってしまうので、「反り」の原因になります。これは、そこそこ「失敗」も含めて経験した者でなければ、細かなノウハウとして知らなくても無理無いかもしれませんね。

＞別の業者に見て頂いたところ，穴のあいているところやひび割れしているところは，パテ埋めしなければならないといわれました。

確かにその通りなのですが、現実的に羽目板にパテをしてしまえば、むしろそこだけ目だってしまいます。程度のひどい部分だけ、板そのものを取り替える事は可能は可能ですが、これもやはり、元々の板と「絶対に」色具合は揃えられません。

＞このような施工をした工務店に非は無いのでしょうか。このような状態になるので有れば，施工前にいうべきだと思います。何の相談もなく，安い材料でやられてしまったという感じです。

客観的に申し上げれば、一方的に、施工者だけの非を責める訳にはいかないような気がします。間違いなく説明不足の感は否めませんが、「安い材料でやられてしまった」と言うほど、先方に悪意は無かったような気もします。

残念ながら、補修部分が目立たないような施工方法というのは、「天然素材」である限り、難しいと思います。むしろ、「全取替え」の方が、技術的にも美観的にも、かかる手間の事を考えても、スッキリします。

「責任」を追及するあまり「無償で全取替え」にこだわると、交渉は紛糾するだけで終わってしまうと思います。技術的には「全取替え」しかないように思いますので、天然素材のリスクが許容しきれないようであれば、鎧貼りサイディグなどに替えてもらい、費用は双方交渉の上、痛み分け、、、というあたりが現実的な落としどころかと思います。

ご期待に沿えるようなお答えではないかもしれませんね。すいません。