「基準通りではない」という意味では、間違いなく「ミス」でもありますし、想定された能力を発揮しない可能性はあります。

３６０mmというのは、金物の「評定」を取る時に、あくまでもその数字で「実大実験」したということで、工学的に考えるとその結果にも「偏差（バラツキ）」があります。逆の言い方をすれば、基準通りに施工した物も実際には想定通りの能力を発揮するとは限りません。また、実際の現場では「施工誤差」は容易に発生します。
よって製品としてはある程度の「余力（ゆとり）」をもって設定してあります。

また、最悪の状態を想定しても、建物が壊れる場合、一箇所が所要能力以下だったから、、、それだけが原因で壊れる、、、、などという単純なメカニズムではありませんので、建物全体での「余力」も充分にあります。

４０km制限の道路を一瞬４５kmで走った。。。確かに交通違反ではありますが、それが直接、、即、、「生命に関わる危険」かというと、、、違いますよね。。
そんなイメージで捉えてはいかがでしょうか？

ただ、「気分」の問題として気持ち悪いという事であれば、コンクリート埋め込み型の金物では無くとも、同等の能力を発揮する金物もありますし、改修用ので後付できる金物も市販されています。それらで、使えそうなものを、「次善の策」として設置して頂いて下さい。

基準にこだわるあまり、コンクリートを壊して再設置する事、、、これは、施工業者がそう言い出したとしても、結果は間違いなく「想定以下」の耐力になりますので、絶対に止めて下さい。

＞施工ミスではあるけれども、現状のままで手を打たなくても大きな問題ではない。

私はそう思います

＞「同等の能力を発揮する金物」をプラスし、いわば「ダブルホールダウンで強度アップ」

コンクリートに埋め込まなくても、後付でほぼ同等の耐力を発揮する商品はあります。考え方として１０＋１０＝２０では無く、既にあるものを「０」とみなし、０＋１０＝１０　で、既にあるものを「オマケ」と考えてみてはいかがでしょう

＞「建設性能評価」をお願いしているのですが、現状のまま手を打たなくても

むしろ、建設評価の現場検査は現況のまま受けたほうが宜しいかと。。。この類の検査は「図面通り」かのチェックです。余計な事をしていると、むしろ、その方が痛くない腹を探られる羽目になります。多分、埋め込み深さはチェックしません。「あるか？」「ないか？」のチェックをします。検査終了後、思うように補強されればいいのでは？と思います。
これは、偽装とかとは少々、異なる事と思います。