人それぞれ、考え方とか感じ方とか違うと思いますので、どう臨めば良いのか？　”となぱぱさん”次第かと思いますが。

たとえば、私であればどうするか？
現状がどうなっているのか？何が問題だと思っているのか？最終的にどうなって欲しいのか？について自分の意見をまとめて、淡々と工務店の担当の人に説明し、工務店はそれについてどのように考えているのか？どのように対応するつもりなのか？自分が理解し納得できるまで聞く事かと思います。
遠慮したり、分かったような気になったりせず、納得できるまでしつこく楽しく進める事かと思います。
工務店の提案が、普通なのか？問題ないのか？自分で判断できずに迷った時には、その場で決めずに後日決めるとか言って、ここに相談すれば良いのではないでしょうか？
色々の有能なアドバイザーの皆さんがアドバイスを書いてくれると思います。

家は手作り商品ですし,木でできていると,乾燥で驚く程,木が縮むものです。
それで,私が知る限りでは,2ミリ程度の隙間はさほど驚くことでも無いように思いましたが。
普通はこのような場合は,壁紙と同系色のシーリング材を充填して修復するのが一般的で,恐らく工務店もそのようにしてくれると思います。

　コーナーや建具周りのすきはクロスの収縮によるもので、クロス用コークで簡単に直せますが、問題はひび割れです。

　クロスの下地は石膏ボードだと思いますが、これの継ぎ目のパテが割れた為に、後からクロスが割れてきます。この原因が、明らかに地震の振動であるものは免責になるでしょうが、そうでない場合（石膏ボードのビスが下地に効いていない、パテの量が薄いなど）は、内装の保証が２年はついていると思いますので、張替えを申し出てもいいかと思います。こういうのを直すのが上手な職人なら、全部張り替えるのではなく、目立たないところのクロスを一旦剥がして、その剥がしたクロスをひび割れした箇所に補修用に使います。

　ひび割れはクロス用の補修材で直すのは難しく、築何年も経っているものは、気にならない程度にはなりますが、新築は完璧に直すのは不可能でしょう。

定期点検って無償が一般的なのか？
一般的なのか不明ですが、私の場合、工務店標準の保証はだいたい2年でした。
それまでの間は、どんな些細な事でも、無償で点検補修してもらいました。
現在６年経過しましたが、私が不都合に感じた事を連絡しますと、無償で確認にきてくれます。
修理依頼すればものによっては有償と言われますし、好意で無償で対応してもらう場合も多いです。と言うかほとんど無償でなんとかしてもらってます。
有償と言われると、私の場合、工作好きなので、やりかたとか、必要な材料とか教えてもらって自分でいじってます。
自分の家ですし、多少不恰好でも、自分でやると面白いですよ。って、人それぞれですね。失礼しました。