天井高が低いところで１メートルくらいはあると言う説明だったので、面積あたりのしかるべき費用を支払い契約したのだ！と言う事を、ハウスメーカの担当者に説明し、事前に説明を受けたものと異なる状況になっている事が双方合意できれば、面積分の差額以上の条件を交渉できると思います。
そんな事は言った覚えはないとか、思い違いとか、双方の合意ができなかった場合には、図面等の具体的な書類とか、打ち合わせの内容をレコーダに記録したとか、記録が残っていないと交渉は難しい感じがします。

ただ、平面図にある小屋裏収納床面積より小さくなってしまった事を、顧客から指摘されるまで説明しないハウスメーカの担当者って激しく悲惨な感じがします。普通、施工前に説明すると思います。契約図面と違うもの作るんですから。
納まりの関係でと言う事があるのは理解できますが、工事後の説明は許されるものではないと思います。
納まりの関係で図面通りできない事が発覚した段階で作る前に説明し、契約図面や見積もり費用を変更し、施主と合意を得てから工事する必要があると思います。契約しているのですから、勝手に変更してもらっては困ります。
そう考えますと、面積は契約した図面通りに製作せよ、やりなおせ。と言ってみても良いかと思います。勝手に変更した事は納得できない。面積分の差額返すなんてのじゃ納得できない。小屋裏収納が８畳取れない家なんていらない！とか。