質問の主旨を整理すると、風呂の排水管が繋がっていないため、床下の湿気が多くなり、施工工務店に修理して貰った、更に、それが要因と思われるサイディングの凸凹の修理を要請したら断られ、他の工務店に見て戴いて水漏れ要因だったら、施工工務店に費用請求が出来るかとうかと云う事だと思います。

結論から云って、外壁の費用請求は出来ないと思います。
築12年で、施工工務店の工事における責任は、道義的責任を求めるにとどまる事でしょう。
出てきた事象（本件のような事案）に対しては、必ずしも施工時のミスだったのか、竣工後におけれる何らかの影響で配管欠損になったのかも判別出来ません。
いずれに施工工務店は、改善に努力する事で一応の道義的な責任は果たしたとみなされるでしょう。

外壁の凸凹は、外部からの要因も考えられ、必ずしも水漏れが要因と断定するのも難しいようです。
本件のような事案には、まず水漏れを早急に修理して床下を乾燥状態にする事を優先すべきで、施工工務店がそれを実践して戴いたのでしょう。
決して話の判らない工務店ではないように思われます。

仰せのとおり、一番、事情の知っている施工工務店に修理を要請すべきです。
築12年を考慮して、ある程度の費用負担を覚悟しつつ、出来るだけ安価に外壁修理をお願いする事が賢明と思われます。