先ずサッシの歪みについてですが、コーキングの収縮で変形すると云う事は物理的に在り得ないと思われます。
大工さんが行うサッシの下地枠、それに伴うサッシ枠そのものは、網戸取り付けの際、建付け調整する時に具現化すると思われます。
本件のような事象は、構造木材収縮の伴う変形の可能性が高いと思われます。

対応策としては、コーキング材を剥いで修理する際に、下地材にライナーなどを用いて外枠から調整する事が必要となる場合があります。
現場の状況によっても異なりますので、業者さんと充分に検証して戴いて、然るべき対応を行う事になると思います。
このような事象は決して希なことではありません。また修正は充分に可能です。


フローリン部材の隙間についてですが、文章のニュアンスから、やはりフローリングと下地部材の収縮である可能性が高いと思われます。
昨年9月竣工ですので、暖かく、多湿の時期の施工だったようです。
真冬になって寒くなると日本列島すべての地域でカラカラの乾燥状態となります。
このような時期に床暖房に温水が循環されますと、フローリングを受けている下地材や支え木材が乾燥して収縮致します。
「パキッ！」と云う音は、この下地材の収縮音と推察されます。

また無垢材でなくともフローリング部材は多少の収縮が伴うものです。
この真冬を過ごしたあたりで収縮率も収まると思われます。
フローリングはある程度の隙間が在って然るべきもので、梅雨時、多湿の夏場や生活湿気によっての伸縮対応も必要です。

しかし、下地部材の収縮とフローリング収縮が双方合間って、許容範囲（美観や使用不便など）を超えた場合は、張り替えも含む対策が必要になる場合があります。
いずれにしても業者との交渉は穏やかな雰囲気で進める事が賢明のようです。