この質問文章では、どのような仕様で計画が進み、どのような契約を交わしたのかも解りません。したがって本「住宅110番」の、どの回答者の先生でも明確な回答は出来ないと思われます。

話し合いが平行線の場合は工事を中止して料金精算を行うと云う根拠も明確でありません。

基礎コンクリートの場合は、型枠を外し、表面に隙がある事も少なくありません。
また天端の欠けもその程度によります。
犬走りのコンクリートを一体打設する意味合いは充分に解ります。
しかし、そうしないからと云って全てを否定出来るものでもありません。

基礎の場合は「瑕疵担保責任」の範疇であり、施工に問題があって竣工後に不具合が出れば、その責任は施工業者が負う事になっています。
一生一代の家づくりが、スムーズに進捗するためには、業者側と施主側の友好的な協力関係が不可欠となります。
冷静に振り返り、もう一度、住宅メーカーに対して納得のゆく施工を推し進めるよう、穏やかな要請が賢明と思慮されます。