＞実際は3割強が布基礎

このお言葉だけですと、正直、状況が想像できません。また、間取りの状況によっては有り得る事です。

設計の主旨や経緯やも不明で、何か理由があったのかもしれません。

多分、ご想像されている、「手抜き」のような状況では無いような気がします。

と、いうのも、「一部」を布基礎にしたところで、「面倒くさい」事はあっても、施工コストが下がる、、つまり施工者が儲かる、、というような事が私には考えにくいのです。

＞この場合、施工業者にどのような請求ができるのでしょうか？
また、その業者は行政処分等はされますか？

あきらかに、施工者が「悪」という前提でお考えのようですが、一度、「設計上の判断」を冷静に分析されてから、事を起こされた方が、宜しいかと思います。