多分、いろいろな誤解が重なっているようですね。。。

確かに、「慣習的」に確認申請の際、【１３mmアンカーボルト　L=４００】というような書き方をしていますね。また、正確にはM12ボルトになります。

まず、、確認申請は「許可」ではありません。「法律に決まっている内容に関してはその通りになっているのを確認しました」という事になります。ですから「許可証」ではなく「確認済証」ということになります。で、なんでこんなお話をするかと言いますと、アンカーボルトに関しては、「基礎と緊結する事」とは法律に書かれていますが、計算の方法によっては（基準法上、計算方法は一種類ではありません）アンカーの本数や太さにかかわりなく、緊結してあればいいよ・・・という事になっています。

ですから、慣習的に１３mmで緊結する事が図面に記載されていれば、論理的には１２mmでも、９mmでも、理屈としては問題無い。。という事になります。

ここまでは法律上の理屈。ここからは実際のお話。。ちょっと、判りにくい事を書きますが、工務店さんにそのまま伝えて下さい。

実際に「壊れない事」をお求めであれば、「許容応力度計算」という方法で計算してもらって、耐力壁線毎の負担せん断力を出す。その上で、アンカーボルトの許容せん断力で割返し、本数と太さを出して貰って下さい。
経験則で申し上げれば、M12＠２７００でも、東京であれば（雪が少ない地方であれば）、クリア出来ると思いますよ。また、アンカーだけでなく、HD金物も耐力として参入できますので、そこまで参入すれば、よほど特殊な建物でない限り、ほぼOKでしょう。。

また、アンカーボルトは地震の時のズレを止める程度で、建物が壊れる、壊れないのお話であれば、アンカーよりスジカイの配置や量の方がはるかに重要です。

と、ここまでは工学のお話。

感情のお話であれば、気の済むまで、追加していただいたほうが宜しいかと思います。そんなに費用がかかるお話ではありませんので、工務店さんも対応してくれると思います。ただ、実際の現場では、柱などで、１mピッチに付けるのは難しいと思いますので、付けられそうな所に付けておく、、、という事になります。