「勝手に」・・・・・この詳細？というか、どのような？ということが、問題になるのでないでしょうか？
　
　本当に、勝手に、無断で、何の相談もなく・・・・・やらなかった工事で、
契約でやることになっていれば−−当然、「契約」というのは、「やります。」という約束ですから、−−やらねばいけません。

　また、問題になっている、「引き渡し」後、ということですが、この時点で、すべてが終わっています。「もう、何もありません」と言うことで、引き渡されているなら、業者の言い分は、間違っていません。
　契約上では未成工事ではなく、現場での変更。ということでしょうか？結果的には、「やらなくても良い。」と、認めたことになります。
　
　これらの確認が必要でしょう。話し合いの切り口はこの部分だと思います。

　

　話は両方から聞くのが正解ですが、あえて、ｉａ２４６　さんの言い分だけを聞いての話になりますが、
　
　保留にしていた。〜〜〜引き渡された。　
この時点では、「保留」が、決定になっていた。と考えるでしょうね。

　引き渡しが、「なあなあ」　な状態での引き渡しのようですので、
その辺を、やんわりと、「両者で、立ち会いして確認しなかったよね？」と、
言ってみましょうか？
　「もう何にもないね？」「うん！」というやりとりもなかったよね？
という感じでしょうか？

　それでも、正式に引き渡した。・・・・・とは、言いづらいでしょうから、話の糸口にはなり、そこから話を切り込むしかないかもしれません。

　ただ、「引き渡し」後、どれほどの期間かわかりませんが、「何も言っていなかった。」のに、いまさら・・・・・・といわれる可能性は高いです。

　他の回答者の方々も、言われていますが、
施工者とは、よほどのことがない限り、「長いおつきあい」です。
ことは、やんわりと責めることが必要ではないでしょうか？