無垢材を使用されたと言うことですが、
以前の相談にも有りましたが、「無垢材は割れる、そる、縮む」は当たり前です。ただ、無垢材が、悪い、安っぽいということは、決して無いと思います。

　それをご承知で、建材メーカーものに替えたいというのであれば、お止めはいたしません。

　建材メーカーものは、中身は「ベニヤ」つまり、合板です。
工場にて乾燥されて、そう簡単には、狂わない状態で、さらに、目を直交させております。その上に薄い単板を貼り付けたもの。と考えてください。
　ですから、「割れ、隙間」を気にされるのであれば、
「ほぼ、有りません」と、答えておきます。

　再リフォームは、可能だと思いますが、
同じように、薄板をうわばりするのであれば、やめた方が良いでしょう。

　かといって、段板をすべて取り替えるという工事は、結構大変ですよ。