あくまで、現場を見ないでの推測の域を出ないことを、ご容赦ください。

　まず、40mmの誤差ですが、
新築物件というならば、誰がどうあろうと、設計、施工とも、どっちかが、
必ずミスを犯してます。
「出来ない方が悪い」か、「出来ない図面を書く方が悪い」と、白黒必ずつきます。

　リフォーム物件と言うことであれば、状況は、変わります。
図面で(頭の中で）クリアすることの出来るはず！でも、実際は、（物理的に）無理！と言うことは、あり得ます。
　たとえば、「梁と天井のクリア40mmある。」・・・40mm高くできる。
と思いますか？
　梁が、自重で10mm中央が下がってます。・・・・30mmしか高くなりません。
　化粧材（クロス）を、梁の下面に貼りますか？・・・・PBがいります。9.5mm下がります。
　それに、納まりによって、木下地などが必要なら、さらに下がります。

　どういう経緯だったか、それは、わかりません。
現場の説明を良く精査する必要はありますが、必ずしも、責められることではないかも？しれません。

　因みに、「許容範囲」か、否か？は、断言できませんが、40mmと言うことは、設計と現場の狂いとしては、大きめかもしれません。
　
　あえて、言わせていただくと、
　「図面は，所詮、絵です。」
それを、盾に「図面通り出来ない方が悪い」とは、思わないし、
「図面通り出来てるのに、何が悪い」という考え方もしません。

　　

設計監理契約をされた上でのお話ですと、総括的な責任所在は「監理責任」かと考えます。（誰が、いい悪いのお話ではありません）

＞図面通りに作らない工務店が悪い

無論、言葉通りであれば、その通りなのですが、改修などでは、現況の把握が難しく、設計通りに出来ない事が、ままあります。その時に施工者はその旨、監理者に報告し、指示をあおぐ義務があります。また、その質疑に対して、監理者は技術的知見をもって判断し、施工者に指示する義務もあります。「その上で」施工者がその指示に従わないようであれば、その時点で、施主にその旨を報告する義務もあります。

＞建築士の間違いなので責任は建築士にある

そういった論理では無く、「技術的知見をもって判断し、施工者に指示をしたか？」。。施工者が指示を無視するようであればその旨施主に報告したか？の2点を怠っているようであれば、明らかに監理責任と思います。

また、監理者が「天井が下がっているのに気がつかなかった、、、」などという言い方をした場合は、現場監理を怠っていた事、、そのままですから、これも監理していなかった、、、となります。

但し、、監理者が指示したのに、施工者がそのとおり「やらなかった」のであれば施工者責任です。何度も言いますが、その場合でも、監理者から施主への報告義務は残ります。ただ、、、、「責任」という事であれば、これは明らかに施工者責任ですね、、、単に言うとおりにしないのですから・・・。

と、ここまでが、法律論議。実際のお話で考えると、改修工事の場合、予想外の事が置多くてね、、、(^m^;;、、なかなか思うとおりにはいきません。仮にじゃぁ、、2400に出来るのか？となると、、、結局、問題あって出来ないじゃん。。って事だと思いますよ。推測ですが。
（出来るようであれば、施工者はしていると思います。「出来ない技術的な要因」があったのではないでしょうか？）

仮に、監理責任を問うたところで、、、110万のうち、監理業務分は多分その半分以下。。。50万以下ですね、、、更に、今申し上げた部分の責任があったとしてもそのうちの数%...。無論、そんな金額の争議、、弁護士さんは、請けてくれません。

＞建築士、工務店の責任割合はどの位でしょうか？

ジャッジメントしようとすると、「いい」「悪い」の水掛け論になります。
まずは、現況が、2400に出来る状況なのか？出来ないとしたら何が原因か？（物理的に出来ない事は誰がどうしようとも出来ませんものね・・）。出来るとした場合、じゃぁどうするか？を、三者で穏やかに話し合われてはいかがですか？
あなたが間にはいると、結局、現場は何も変わらないまま、遺恨だけが残ります。

個人的には、、、、、

とかく改修工事はアクシデントがつきものです。。。
何とか、鉾を収めていただければぁ、、、、とは思います。

なるほど、、中古リノベですか・・・・

＞設計は工事途中にて寸法が取れない場合報告しないのが悪い

一理あるのですが、、ただ、監理者としてA工事からB工事に移る際の現場確認に齟齬があったとも考えられます

監理者＆施工者とも、現場の確認に漏れがあった。
責任論でいくなら、設計者＆施工者の痛み分け。。でしょうか？

また、売主さんにも、当初のお約束と違った物を引き渡した責任はあると思います。

ただ、現実のお話として、仮に、A工事施工中にこのままだと、２４００の天井高さが取れないと判っても、売主さんが、追加費用を捻出して対応してくれたか？あるいは、費用をかけても本当に技術的に可能だったか？となると、少々疑問です。
つまり、、「やり直せ！！」といったところで、費用の問題では無く、技術的にちょっと無理。。。という事では無いでしょうか？

あなたが、あくまで実際に２４００取れ！！とお求めならば、きっとこのまま膠着状態で、誰も何もできないまま、終わるでしょう。

売主・設計監理者・施工者の３者痛み分けで、いくばくかのﾍﾟﾅﾙﾃｨｰを附して解決するのが、現実的な気がします。

追記

それぞれの責任割合については、この場で私がジャッジする立場にありませんが、、、
現実の対応としては、あなたが、三者の顔色を観察しながら、決める以外に、決めようが無いと思います。但し、、、総額が法外であれば、当然、紛糾するだけで、何も解決しません。