申込証拠金での物件の仮押さえについては、フラット３５と直接関係しませんので仲介業者に確認してください。


フラット３５Sについて回答します。
◎技術基準
昭和５６年５月１３日以前の新築物件であれば、耐震基準を満たしていない可能性があるので、耐震改修をしなければならない可能性がございますが、築浅とのことで、耐震改修は必要ないものと思われます。
その他にも、フラット３５Sには、機構で定める技術基準がございますので、現場検査により技術基準と合致しているかを確認する作業がございます。
この検査に合格すると適合証明書が発行されます。

◎発行期間
中古物件の適合証明書の発行は、仰せのとおり申請からおよそ２〜３週間程度の時間を要します。

◎必要書類
住宅金融支援機構のホームページの中古住宅適合証明申請書類チェックリストに記載されておりますが、わざわざ設計図書を起こしなおす必要はありません。簡易な図面でも対応いただける場合もございます。
現場検査員が、物件を確認しやすくするために配置図・平面図が必要です。
お手持ちの図面があれば、できるだけ詳細な図面を提出ください。

◎フラット３５Ｓ
築浅の物件ということなので、中古フラット３５Ｓに該当する可能性がございます。
開口部断熱やバリアフリー仕様にされていれば該当いたします。

・開口部断熱・・・複層ガラスの設置
・バリアフリー・・・階段と浴室に手すりの設置

追記します。

＞申請から適合証の発行まで約３週間ぐらいかかる。設計図書の提出が課題だ。通常の備え付けの設計図書ではなく、フラット３５Ｓ向けの設計図書に起こし直す必要があるためだ。

ご存知かもしれませんが、35Sには4つの条件があり、【　1、耐震　2、省エネ　3、バリアフリー　4、耐久・可変　】そのどれかに合致していればOKです。1,2,4の場合、現況がどのようになっているか、かなり細かく確認しなければなりませんし、外部からの目視や図面だけでは確認できない項目もあります。仮に適合していなければ、適合するように改修しなければならず、存外、大掛かりな工事になる可能性が大ですね。3の場合は、玄関や浴室に手摺が必要であるとか、出来上がったものでもすぐ確認できる項目がほとんどで、比較的改修も容易で安価に出来そうです。
1,2の場合は、適合している事を証明するのに、計算書などが必要ですから、その依頼費用も発生しそうですが、3の場合だと、審査機関によっては平面図にいくつか書き込みをするだけで済む場合もあります。

申請から発行まで3週間というのは、、、、（＾ｍ＾；；；、ちょっとオーバーですね。。。弊社（手前味噌ですが、手馴れています・・）の場合、審査機関の対応にもよりますが、、せいぜい1週間程度でしょうか？ただ、、お約束できるものではありませんので、「安全」をみて3週間とおっしゃった可能性はあります。

−＞ 申込証拠金は宅建関係の法律で禁止されている。
隠れてやっているところはあるかもしれないが、ほとんどないはず。

このあたりは専門外ですので、参考程度に。。

申し込み証拠金なり、手付け金なり、、お金を払わなくても「買付証明」というものを売主に提出すれば、「優先交渉権」が発生します。
http://www.next-home.co.jp/fudousan/uploads/kaitsuke.pdf
http://oshiete.homes.jp/qa4975519.html
不誠実な対応は問題ですが、「善意で契約締結に至らなく」ても全く、金銭の支払いは発生しません。
普通、金額交渉の期間は、この買付証明で、購入権、交渉権を担保するはずで、いきなり手付け、、、というのは、ちょっと疑問です。確認されては如何でしょうか。