現実的なこととして、「何年」たった住宅でしょうか？
どのような、特別な仕様の住宅・部屋であろうとも、「未来永劫」保証をすることはしませんし、それを求めることも、無理難題です。

　また、同じ事象の修理でも、１年目の物件と、１０年目の物件では、おのずと対応は違います。ここでも、未来永劫、「ただ」で直せ！ということには、もちろんなりません。
　３年目でただで行った修繕工事、これを、２度目に同じことを１０年目に行ったと仮定すると、(原因・工事内容によりますが）ただには、おそらくならないでしょう。

　原因による、ということは、早期の段階で「施工側責任」で、起こったクレーム工事とかで、同じ事象が、原因を探りきれずに再発した。なんていうときは、「ただ」といわなくとも、多少は、ご負担ください。で、済むのでしょうが、どう考えても、「部品の経年変化」なんていう原因を、「施工者負担」では、直しません。

　詳細が不明な現状での回答の限界を、おわかりいただきたいと、思います。

多分ですね、、アフターの問題というより、Cassさんのご要望のレベルと、施工者が考えていたレベルのボタンの掛け違いかと思います。

暗室の吸排気バランスまでのレベルとなると、実は、かなり綿密な設計レベルが要求されます。また、ドア枠もかなり複雑な加工が必要になります。（私なんぞはそれでも不安で、結局は暗幕を何枚か念のために設置したり、前室で入口の向きを変えたりしていますが・・・）

無論、Cassさんにすると要望は伝えた、、という事なのですが、多分、工務店さんにとっては、初めての事で「まさか。。そこまでやるか？（＠＠。。勘弁してくれ。。。」というのが本音でしょう。そういった意味では、費用に関しても、そこまでの精度を全うするまでの費用は貰っていなかった・・・（＾＾；；。というのが正直なトコでしょうね。

アフター、瑕疵補修を、途中で放り出された、、という事ではなく、「実は、このレベルの精度は必要なんだ・・」と、改めて、ご説明されてみてはいかがですか？また、費用に関しても、工務店さんの稚拙さ、習熟不足をある程度、理解した上で、かといって、全て許容する訳ではなく・・・そんなあたりで、お話し合いされては如何でしょうか？

「安全」に関する事でもなく、「明らかな契約不履行」という事でもなく、特殊な用途の初期性能が確保されない、、、という事例はなかなか相談窓口は、、、難しいです。