過去の質問・回答をごらんいただけると、わかるかもしれませんが、
実は、「基礎」「コンクリート」は、以外にこれでもか！と言うだけ、強度があります。(強度の余裕を持っています。）

　質問の文章を読む限りは、問題視しなくとも良いのでは？と思います。
さらに、施工者側として、「ベター」と言える後処理を考えているようで、さらに、安心感があるように、思いました。

　

鉄筋を切るのだけは止めてくださいね！！

特に車庫の入口であれば、間口が２．７m程度あるでしょうし、元々梁せい（基礎の高さ）が、一般の立ち上がり部分より、少ないはずです。また、失礼ながら、その程度の認識の工務店さんだと、構造計算もされていないと思いますので、そんなに沢山の鉄筋も入っていないと思います。

計算上のお話は煩雑になりますので省略しますが、配筋が「０」（切る）になってしまった時点で、長期曲げ（地盤側から押す力）に対抗するものが無くなります。

基礎に関して余力があるから大丈夫よ、、、と、良く申し上げているのは、多少鉄筋の位置がずれているとか、コンクリートがヒビ割れているとかに対してで、「０」（切る）にしても良いという事ではありません。

鉄筋を切らないのであれば、、、、、あとは、地盤の状況、基礎形状など、詳細が判らなければお答えしようがありませんが、、、。

車のお腹をこするのであれば、擦り付け長さを長く取るなりの選択の方がよろしいかとは思います。

どうも、竹澤さんや私が理解しているのと、けんぴんさんのおっしゃっている内容に祖語があるようですねぇ。

「はつる」とは既に出来上がったコンクリートを壊す事を言うのですが、、、まだ、コンクリートを打設していませんね。

配筋を拝見すると、とてもきちんと配筋されていますし、等級２であれば、計算をされていると思います。

ここで、双方、話が食い違ったまま、不安を増すより、工務店さんを信じてお任せした方がよろしいような気がしますが・・・・。

お褒め頂き、、少々、、照れくさいです。。（＾m＾；；

本題です。

総じて、工務店さんの「ちゃんと対応しようとする意志」は感じられますし、そんなに「やんちゃ」な工務店さんでもなさそうです。お任せしていいのではないでしょうか？

ただ、「ハツル」事は決して褒められた事ではありません。あくまでも次善の策です。こちらで、良く話題になる「かぶり」も小さくなりますし、それにより、今後、クラックが入りやすいというリスクもあります。
基礎が弱くなる、ならないのお答えとしては、「弱くはなるよね・・・」というお答えしかありませんが、ただ、それにしても、当初、竹沢さんのおっしゃっている通りで、、、まぁね、、、車庫を諦める、、というレベルでは無いように感じます。

工務店さんは充分承知されているとは思いますが、鉄筋だけは切らないように・・・・・。

少々、気になるのは、、

＞5月末には確認申請です。
一旦現状で申請を受け、合格後”はつる”わけです・・・

これは「竣工検査」の事と思いますが、、、、お聞きする範囲だと、車庫の床レベルが若干変わっても、検査に影響するほど（住宅レベルでは）の事は無いと思うのですが。。。
何か、ここに書かれていない他の要素があるのでしょうかねぇ。。。期限的な、工期的な問題とか？？？

まずは、そのあたりも含めて、お任せしてはいかがでしょうか？