ほぼ、工務店の言うことが、あっていると思います。
もちろん、現場を見てませんので、断定はできません。

　因みに、「防湿シート」を使用しているとすれば、「？」ですね。
「透湿シート」ではないのか？確認をしてください。

>工務店に確認すると、フラット３５の仕様で壁に通気層があり、２重に貼った防湿シートの端？が震えて音が出ている、とのことでした。端をタッカーで打ち付ければ音はしなくなると言われましたが、本当でしょうか。音からして、防湿シートの張りが緩く、それが通気層を通った風に煽られているように思えるのですが。端をタッカーでとめたくらいで、音がやむ物なのでしょうか？
>また、この音がすること自体、欠陥ではないのでしょうか？

まず、2重に張った・・・ですが、
これらの「通気防水シート」あるいは「透湿シート」ですが、必ず重ねが必要ですし、重ねることが要求されています。
　したがって、ばた付きを押さえるだけなら、タッカー打ちでも問題はありません。テープであれば、そちらの方が・・・・？くらいの事です。
　それの張りが強い弱い？はなんの関係もありませんし、楽器の弦でもあるまいし、伸びるほど引っ張りはしません。
　通気層に風が通ること自体は、歓迎すべき事です。強風時に少し多すぎるくらい流れることは、致し方ないと言うほかありません。逆にそれを恐れるあまり、流れなくすることは、もっと、恐れるべき事です。

　この音がする事を「欠陥」と言われれば、正直な話は、
「家は建ちません」あるいは、ほかの部分に「欠陥」を誘発しますし、
無いことの方が、「欠陥」扱いをされることでしょう。

　家だって、生きてます。
あなただって、生きて生活していれば、様々な「音」を出しますよね？
すべてが、問題のある事ですか？違いますよね？
病的な音と、個人差の音、健康体の音・・・・いろいろあるじゃないですか？