あくまでも、私の「私感」及び現場を確認できない上での話ですし、現場の状況を想像しての話ですので、ご留意を願っておいて。

　まず、

>１階の東西南面からポタポタと水が落ち、

ということは、さらに、北面も怪しいのでは、全面ではありませんか？
それに、屋根も施工不備。さらに窓も・・・・・
築７年ということを、考え合わせて。

　「遠慮」することは無い。「壁全面を、剥がした上で、外壁ごとやり直してください」は、理不尽ではないと、思います。
　外壁、窓の周りは、「透湿シートと、ブチルテープ」で、しっかりと施工し直してもらいましょう。
　ラスモルタルのラスを切ってしまうことを、心配されてます。この件は、全面を施工し直せば、クリアできるでしょう？
　私なら、外壁を施工するための「足場」を組みますので、ついでに屋根もなんだかの施工をしますね。「瓦」の施工は未経験なので、全面やり直しが、どの程度のことなのか？が、わかりませんので、なんとも言えませんが、何らかの「漏水防止」を要求することは、できると考えます。

木造住宅の漏水は、99％、接合部などからのものです。塗布防水は何の役割も果たさないと思います。風船が空気漏れするからといって、「表面」に何を塗っても関係ありませんよね。ちゃんと「口」の部分の密閉度を上げなければ、お金と時間の無駄です。

そういった意味で、相談された建築士さんの判断に同意します。

あとは、それを「部分的に」行うか「全体」を行うかの判断で、これは、ご予算に左右されますが、保険対応との事であれば、全体をきっちりやって頂いた方がいいかもしれませんね。

構造的には、モルタル部分を切断しようが、全部剥がそうが、ご心配になるほどの影響はありません。

売却の際の件ですが、黙っていようが、なんだろうが、最近は「インスペクション」を行うのが普通になってきています。（売買の際、売買瑕疵保険が付帯されるようになり、それに伴い検査を行います）。漏水の形跡は、普通のインスペクターであれば、すぐに判ります。今後、売買時に「検査」するという傾向は強まりますので、黙っているよりは、ちゃんと、事後の対応も含めて、報告（告知）される方が、仲介若しくは買い手の印象も宜しいかと思いますよ。

先々の「評価」の件は、未来のことなので、予想できませんし、あくまでの売買時の状態が問題なので、今からご心配になったところで、意味がありません。（今後、違う不都合が出てくる可能性もありますよね）

また、損害賠償額とのことですが、いつ売るのか判らない物件の将来の評価額など算出できません。来年売るのと、30年後売るのでは、全く話が異なります。せいぜい、足場がかかる事や、補修工事に伴う生活の不便さに対して、多少の「お気持ち」くらいは請求できるのかな？と想像しますが、それとて、「現金」で頂こうと思えば、相当高いハードルが予想されます。多分、かけた時間と費用を考えると割に合わない結果になると思いますよ。

まずは、きっちり「現状」に対応していただく事が賢明と思います。