Ｈ24年8月で築12年になる、2×4の2階建て木造住宅です。
施工会社と揉めて遅くなりましたが、近々、不同沈下の補修工事（保険適用）があり、鋼管杭を家の全周に入れる予定です。
丘陵地帯の谷底に位置し、家の西側が山、東側が谷。元の地目が、ため池です。

建築前にＳＷＳ調査をし（5箇所の平均Ｎ値6.4）、1ヵ月後に工事着工。
家の4辺の沈下量に、ばらつきがありますが、家の中心は5箇所の中では硬め（5.75ｍ地点でＮ値25.6）
中心を挟んだ、対角線上の北角9ｍ地点でＮ値48.9。南角8.5ｍ地点でＮ値21.3。という状態です。
また基礎に変形角が生じているとの事（1級建築士判断）。1階で最大5.5/1000の沈下があります。

目視で床が下がっていると判る部屋がありますが、その部屋が3640mm×6370mmで、長い辺の約4370ｍの地点から東（谷）へ、2ｍ下がり、そっと置いたビー玉が勝手に転がります。
また、フローリング継目の盛り上りが何箇所もあります。

その長い辺の天井の高さを計ると、地盤が下がっていない西と比べ、東が約5mm高いです。
沈下している東側天井付近のクロスに黒いシミが、薄っすらとありサイディング全面張替る予定。
2階北側の軒天が変色、塗装が剥がれています。また真上付近の棟包みから、カラーベストが１枚抜けています。
この棟包みを中心に、北側が軒天変色。南側は野地板に黒い染みがあります。

ご質問です。
?画像の黒い染みは、雨漏りでしょうか？

?鋼管杭の業者の方から、ジャッキアップの際、天井の高さ5ｍｍ違う位なら、2階に一緒に、ひっついて戻る可能性があるとの事でしたが、木は半年かけて、形が戻るとも言われ、クロスにシワが発生する事があると。形が戻ることにより、他にも瑕疵は発生するのでしょうか？

?また、ジャッキアップの際、このフローリング継目の盛上りは「上手くいけば直るが、ダメだったら、フローリング張替えになる」との事。
補修前の画像として、床が沈下している証拠に、ビー玉を転がしたムービーを撮影しました。　でも、継目の盛り上がりの撮影は、上手く出来ません。
　ビー玉のムービーで、継目があると認識して貰えるでしょうか？
また、認識が難しい場合、継目の盛り上がりを、判り易く撮る方法を教えて下さい。
ちなみに施工会社は、瑕疵と認めたくないタイプです。

ご回答の程、宜しくお願い致します。