＞本来は不要なもの

と、言うより、「やってはいけない」事です。設計者はあくまでも、依頼者（建主）の利益のため業務するのが職能・職責です。施工者と「協力」して仕事はしますが、最終的には利益相反する相手も施工者です。その施工者からマージンを得るのは明らかに「倫理上」問題があります。

防止する方法は、、倫理観の低い設計者に依頼しない事です。では、どうすれば、そのような設計者を見分けられるか、と、なりますが、、。
あまりにも設計料の安い設計者は避けた方が宜しかろうと思います。設計者のデザインや人柄まで私が口を挟む事ではありませんが、少なくとも設計料は、２階建て木造４０坪程度で、１５０万〜２００万程度でもおかしくありません・・。というより、その程度の設計料を頂戴しないと、まともに業務が出来ません。
まともな設計料が貰えないとなると、なかには施工者にマージンを要求する、倫理観の低い設計者も現れますよね。。。

施工に関しては、設計図という「仕様」が担保されていますので、当然、安いほうが良いのですが、設計という行為は、「創造性」「緻密性」「プロジェクトマネジメント」と様々な要素があり、設計者によって能力の差も大きく、業務量も、多分、まともにやる限りは、皆さんが想像される以上です。
それが、ことさら安いとあれば、、、、、二つに一つ、、業務量を減らすか、業務料を別のどこかに求めるか、、、、。

既に、ご依頼されているようなので、まずはその点、、振り返って見てください。設計料の多寡だけで、設計者を選択されていませんか？

率直に申し上げれば、そもそも、そのような疑念を抱かれる程度の信頼関係しか、設計者との間に無いようであれば、今後の家づくりは、どうなんでしょう？その点に少々、不安がありますね。「信頼して」契約されたのであれば、最後まで信頼されてみては如何でしょうか？

仮に、設計契約後、、で、予防策となれば、、そうですね、、多分、数社に見積を取られる事になるはずですので、そのメンバーに、設計者と全く関係の無い業者さんを１、２社、加えていただいてはどうでしょうか？いろいろな理由を付けて、ことさら、その業者さんを排除しようとするようであれば、「？」です。どなたが見積をされても、我々設計者は、本来、何も困る事はありません。

私の場合、施主のご希望があれば、何社かご紹介はしますが、疑念を抱かれぬよう、むしろこちらから申し上げて、私と全くつながりのない、業者さんを施主にご推薦いただくようにしています。

製品メーカーが工務店若しくは設計者に渡す事（値引きする事）と、工務店が設計者に渡す事では全く意味合いが異なりますので、誤解なきよう。。。

前者はあくまでも流通上の慣習、謝金あるいは工務店の事務経費計上という意味合いですし、後者について私が申し上げたのは職業倫理上、芳しくない、、というお話です。

前者に関しては、「あって然るべき」、後者にあっては「やってはいけない」事です。

どうも、、私が当初想像した、＜設計者⇔施工者＞の悪しき慣習のお話では無いようで、、、また、私とあなた様の言葉の定義が若干異なっており、微妙にお話が噛み合っていないように思います。

物流としてのマージンのお話、工務店・メーカー・設計者などの業務分担のお話、CM（コンストラクションマネジメント：施主が直接「物」や「職人さんを手配する」）のお話が錯綜しているようです。

＞中古住宅を購入し購入者が直接、ユニットバスメーカーに発注・施工

多分、この件も微妙に誤解があるようで、少なくとも、例えばUBメーカーが「直接」施工する事は有り得ません。UB本体を購入されるにしても、（仮にそれが現金であったとしても）メーカーが直接、個人に対して売ってくださる事は稀有（ほとんどありえない）と思います。

細かなご説明は、、大論文になってしまいますので、省きますが、、、確かに流通・施工の一部分をカットする事は可能ですし、当然、その部分で発生するマージンはカット出来ると思います。また、最近はネットなどを通じて、様々な流通形態がありますので、私の認識不足があれば、ご容赦ください。

＞設計士、工務店を通さず施主が発注した場合には２割安くなるといわれました

どなたからの情報なのか存じ上げませんが、少々、言葉足らずかと思います。
安くなる見返り？としては、ご自分で手配された物や人に関するリスクは全て、あなた様ご自身で負担される事となります。逆に言えば、おっしゃっている「マージン」とはそのリスクをヘッジするための保険料の意味もあります。

2割の根拠が私には判りませんが、最終的にリスクをご自身で、背負う（対応する）覚悟と手間、時間などがあれば、「直接発注」はお安くなる手段ではありますね。ただ、いろいろな部分に関して、正しく理解していないと、結局、現場においてトラブルを誘発しかねませんので、慎重に対応されるのが宜しいかと思いますよ。

　栃木さんの言われるように、私も話のかみ合いの悪さを感じました。
また、栃木さんが引っかかりを感じたことも、わかります。

　で、私は流通の関係のことだけですが、
お客様が、個人的に購入することで、良いことと悪いこととが、当然あります。
しかしながら、特別、悪徳な業者でない限りは、差し引き勘定は、決してお得とは限らないのではないでしょうか？

　栃木さんの言われるように、ものによっては、業者でなく、個人では購入、施工は無理なメーカー、建材等もありますし、可能なものだったにしても、

　たとえば、ホームセンターなどで「照明器具」を購入してきた。として、
この価格は、業者が提示する金額よりも安いかも知れませんが、
その工賃(取付だけでなく、配線、結線その他）を、業者に依頼すると、最初から業者にお願いした方が安かった。ということになりかねません。
　また、その製品の問題(クレーム等）は、業者ではなく、購入者です。
取付工事、配線工事をご自分で行えば、すべてが自己責任です。

　すべてがすべてでもないでしょうが、
あくまで私の経験ですが、妻がホームセンターで購入してきた「シャワー混合栓」、私が自宅のユニットバスのものと、交換しました。
　これ実は、メンテナンス用に部品を取り寄せようと、メーカーに問い合わせたら、「品番に、該当する製品はありません。」という回答です。
　アフターでの対応が不可能なのです。同じものを別品番で探さざるを得ませんでした。

　いろいろと、お考えもあると思いますが、業者を通じての施工、販売の「保険料」の意味合いという　栃木さんの言葉にはうそはありません。
　決して金額だけの(表面的な）判断はなさいませんように。
　

＞施工全体で工務店から設計士には紹介料の名目で１０万円程度が渡されることがあるという情報

「有り得る」という意味で否定はしませんが、そうだとしたら、決して「質のいい」設計者でも施工者でもありません。

＞設計監理料の一部だと思いますので、マージンが入るのはおかしいと思います

まったく、仰せの通りです

＞設計士が「是非、使いたい！」と言っている部品にはメーカーから設計士にマージンが入るものがあるそうです。ですから、設計士がすすめる部品・部材に対しては警戒心が生まれてしまいます

決して、「当たり前」のお話ではありませんので、誤解なきようお願いします。
少なくとも、私は貰った事がありません。。。

「総合的」判断で、工務店やある特定メーカーの製品をお勧めする事は、ありますが、その見返りをいただいた時点で、前にも申し上げたとおり、施主のために最大の努力をする、、という職責を放棄した事になります。またそれが判明した時点で、施主との関係が悪化します。私の場合は、目先の数万円よりも、施主との関係悪化を恐れます。

と、、、ここまでは、設計者に対する「バックマージン」のお話
以下は工務店に入る、「流通マージン」のお話

＞そもそも定価１００万円のユニットバスが７５％引きなどで工務店に卸される（一例）などという、建築業界全体の不透明さが、施主としては不透明で不安な気持ちを高めています

建築業界全体は確かに不透明な部分も多いですが、、、、。ただ、「流通経費」は、あって然るべきかと思います。コンビニで125円のドリンクも製造原価は10円以下、、とも聞きます。流通チャネルのそれぞれが、与信管理コスト、在庫管理コストなどなど、、ある意味、最川下の工務店は、、小売店でしょうか、、、当然、ある程度の利益があって然るべきです。25％が下代（ゲダイ）だからと、業界全体が責められるのは如何かと思います。

その部分を省きたい、、とのお気持ちも理解できます。であれば、今まで皆さんがご意見されているように、「リスク」を覚悟で、対応されるのも見識の一つと思いますので、お好きにどうぞ、、、としか言いようがありません。

このあたりの論議をはじめると、それぞれの立場で言い分はありますので、総花的になり、収拾がつかなくなりますネ。。(^m^;;

当初のご心配に対してのお答えとしては、、、

そんな疑念を抱かせないような信頼のおける設計者によるマネジメントの上で、施工者に適正な報酬をお支払いになるのが、「長期的」に考えて一番お得かとは思いますよ。。。
「安い」には必ず、それなりの「理由」があります。