本件はフラット35ローンにかかわる案件だと思われます。
この融資を受けるためには、まずローンの仮審査請求を行います。
この審査はかなり簡易的な内容となっております。
この仮審査で合格通知が届いてから本審査請求を行うのですが、この手続きは相当量の情報を記載した内容となります。

この本審査では、本件のような「分筆」案件などのような条件がつく場合があった上で、本審査内定通知書が交付されます。
この時点で心置きなく着工できることになります。

本件のような「仮審査通知後」における着工の場合は、本審査で不合格や大きな条件でフラット35ローンを採用することを断念する事態も少なくありません。
本件ではハウスメーカーが仮審査前着工に落ち度であったと認めています。
申請は、施主名義で行うのですが、ハウスメーカーが手続き代行する形態となり、その仔細を確認しないうちに着工してしまったことに責任を感じているのでしょう。

当初、不要であった「つなぎ融資」をハウスメーカーが負担するということで責任を果たそうとしているように伺えます。
確かに手続きのすべてをプロの施工者側が行っており、施主に仮審査前着工に責任は無いように思いますが、諸手続き書式には、そのプロセスなどが記載されているはずであり、100％非がないと言い難いことも在り得ます。

想定外の費用負担が発生するのは受け入れがたいとの気持ちは充分にお察しできます。「私の要求は間違っているので しょうか？」との問いについては、決して間違ってはいないと推察できます。
しかしながら現在の現況においては、当該ハウスメーカーと質問者の施主が、穏やかな解決法を建設的に模索することが賢明のように思われます。