noriko　様に限らずですが、

　施工業者をもう少し信頼してあげていただけませんか？
「だまくらかして、ぼろ儲け！」なんて考えているのは、「ごく一部」・・・・一握りの悪質業者だけ。だと、思います。

　もちろん、失敗もありますし、アクシデントもあります。・・・人間ですもの。
　少なくとも、「信頼」して、お願いした業者さんなら、信頼して「言われました。」で、すませませんか？

　この場合ですが、工務店側の言われるとおりで、問題無いと考えられます。(もちろん、現場を見てませんので、状況の推測の上で）

　
　

工事過程のなかで雨に見舞われる場合は度々あるものです。
ベタ基礎に雨が降れば水溜りもできます。

何らかの理由で土間コンクリートの水溜りが乾燥しないまま、床を張るような事があってはなりません。土台の含水量が増えて腐朽菌が発生する場合もあります。

この土間コンクリートに水を溜めたまま工事を進めても、建て込みが終わり、屋根が掛り、壁や開口部が取り付けられる頃には、土間の上に溜まった水も自然に乾燥して無くなるものです。
おそらく、心配は無用と思われますが、施工業者を信頼しつつ、見守る事も賢明な建主さんの姿かも知れません。