不本意に思われるかもしれませんが、ご希望の通りには事は運ばないと思われます。

>重大な不具合ですので、当然、無償で修理してもらえる
>と思っていましたら、全額当方の負担になるとの事です。

　ことはどうあれ、保証期間のうちに、それを提示されなかったわけです。
そういう大きな不具合を提示していただくための「保証期間」とも言えるわけです。
　「未来永劫」・・・・・「重大な不具合」をいわれても、無理難題！としか言い様はありません。
　

>また、前払いでないと、工事は始められないと言われて
>います。外部廊下の保証は2年で、築10年以上経過して
>いるので有料になるとの事です。業者の主張は正しいの
>でしょうか。

　私も、これは、支持します。
前払い・・・・そのものは、必ずしも。ですが、「支払い」を猶予される。支払いを拒否される恐れを考えれば、当然の事とも言えます。
(少なくとも、その意志が無いわけではないですよね？）

>また、こちらとしては、まずは修理してくれて、お金の
>話はその後でと思っているんですが、了解してもらえま
>せん。
>私の主張は間違っているんでしょうか。

　
　この場合は、「交渉ごと」と考えれば、「後出しじゃんけん」ですよね？
工事が終わって、お金がもらえない。・・・・・これは、誰だって、いやですから。

まず、何で10年経過しないと、その不具合に気がつかなかったか、、解せません。極端なお話、引渡し直後の雨（ようは10年前に）で、その状態は判ったのでは無いかと思いますが、今まで、問題にならなかった（しなかった）何かご事情があったのでしょうか？

考えられるのは、収益物件として、中古を買った、、という事でしょうが、そうなると、元々の工事契約（保証の対象者）が、あなた様では無いのですから、先方のおっしゃっている事は、至極当たり前に思います。

更に、そうであれば、保証うんぬんでは無く、単なる「商取引」ですから、

＞修理してくれて、お金の 話はその後でと思っているんですが

金額が決まる前に、売り買いする、、つまり、工事金額が決まる前に着工するという事は有り得ません。

相手方が元々、あなた様と工事契約を結んだ相手なのであれば、ここに書かれていない、、多分、10年後になって、そのようなお話が出てくる・・・というあたりにご事情があるのでしょうから、、、コメントは控えます。