お気持ちは、理解できないわけではないのですが、

　フローリングの総張り替えを提示されているのならば、ずいぶんと誠意的な対応だと思います。
　「いずれにしても、完全な元通りにはならない。」という言葉は、
再度？問題が生じたときの「保険」の意味合いが強いと思います。
失礼な言い方を許していただければ、
「またクレーム付けられるかもしれないし。その時には、どうしようもなくなるよ！」という気持ちの表れでしょう。
　部分的にいじくるよりも、少なくとも部屋全面を張り替えることができるならば、（現実の状況にもよりますが）ほとんど、見てくれは問題無いと思われます。

　また、総張り替えで、直りきらなかったならば、それ以上のことは、無理難題でしょう。（物理的に、金銭的にも、無理だと思います）

　たとえは悪いでしょうか？
傷害事件の被害者。・・・・犯人が捕まったとして、「もとの体にして返せ！」は、無理難題。不可能です。
新車で事故りました。・・・もとに近くは直しますが、新車にはなりません。
　
　納得できる、できない。受け入れる、受け入れない。のレベルではなく、
不可能。のレベルで考え座れを得ないと、思われます。