不動産登記と長期優良住宅は関係ありません。もしかしたら、住宅履歴情報登録と混乱していらっしゃるかもしれませんね。

＞住宅ローン控除や住宅ローン減税なども違ってきますか？

違ってきます

＞資産価値とかはどうなるのでしょうか？

はるか先のことですから、「金額」の算出は不可能です。が、長期優良住宅の方が、資産価値が高いのは間違いありません。

銀行のローンやフラットも商品によっては、一般の住宅と長期優良住宅では金利差が大きく出ます。
これも仮定のお話ですから、金額を算出するのは難しいのですが、10年、20年單位で比較すると、その差は100万單位になるかもしれません。

気になるのは、、そもそも、長期優良住宅は「着工前」に認定されていなければなりません。ですから、着工した時点で、もうその建物は、どうあがいても長期優良住宅には成り得ません。
工務店さんは、その事すら知らなかった可能性が大きいですね。

具体のお話がわかりませんし、税額控除などは、あなた様の「収入」や「家族構成」によって変わってきます。よって、金額の数字の多寡に関して云々、申し上げられませんが、相当のデメリットがあったかもしれませんね。ただ、長期優良住宅にするためには、一般的な建物より、工事費が掛かりましになりますので、その点もお忘れなく。

http://www.sumai-info.jp/chouki/04.html

こちらが、判りやすいかもしれません。